Browsing by Author "Sağlam, Buket"

Now showing 1 - 6 of 6

Apoptozun Düzenlenmesinde Rol Oynayan M6a Rna Modifikasyonlarının Araştırılması
(2022) Akgül, Bünyamin; Akçaöz-alasar, Azime; Sağlam, Buket
Apoptoz gerek normal gelişim esnasında gerekse patolojik olgularda hücresel dengenin sağlanmasında oldukça önemli bir hücresel işlevdir. Nitekim, apoptozun yavaşlaması veya engellenmesi kanser ve otoimmun hastalıklara yol açar iken, apoptoz oranında meydana gelen hızlanmalar akut ve kronik dejeneratif hastalıklara ve immun sistemde yetersizliklere yol açmaktadır. Bu nedenlerden ötürü, apoptozun düzenlenmesinde çok değişik makromoleküller görev yapmaktadır. Bu düzenlemeden sorumlu proteinlerin varlığı uzun süredir bilinmekte olup son yapılan çalışmalar RNA modifikasyonlarının da bu düzenlemede aktif rol oynadıklarını işaret etmektedir. Bireysel bazı RNA modifikasyonlarının apoptoza katkısı raporlanmış olmasına karşın, apoptotik koşullarda gerçekleşen genom kapsamlı m6A RNA modifikasyonları raporlanmamıştır. Sağlıklı serviks epitel ve kanser hücrelerinde apoptotik koşullarda meydana gelen m6A RNA modifikasyonlarını irdelemek için yürütülen 217Z234 No.lu bu TÜBİTAK projesinde HeLa hücreleri model olarak kullanılmış, elde edilen verilerin bir kısmı ME180 ve HCerEpiC hücrelerinde de test edilmiştir. Farklı m6A RNA modifikasyonuna tabi adaylar doğrulandıktan sonra ilgili mRNA?ların kaderi incelenmiştir. Yapılan incelemeler METTL3-p53-NOXA aksının apoptozu düzenlemekte rol oynayabileceğini göstermiştir.
Citation - WoS: 4
Citation - Scopus: 4
Epitranscriptomics M6a Analyses Reveal Distinct M6a Marks Under Tumor Necrosis Factor Α (tnf-Α) Apoptotic Conditions in Hela Cells
(Wiley, 2024) Akçaöz Alasar, Azime; Tuncel, Özge; Sağlam, Buket; Gazaloğlu, Yasemin; Atbinek, Melis; Çağıral, Umut; İşcan, Evin; Özhan, Güneş; Akgül, Bünyamin
Tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) is a ligand that induces both intrinsic and extrinsic apoptotic pathways in HeLa cells by modulating complex gene regulatory mechanisms. However, the full spectrum of TNF-alpha-modulated epitranscriptomic m(6)A marks is unknown. We employed a genomewide approach to examine the extent of m(6)A RNA modifications under TNF-alpha-modulated apoptotic conditions in HeLa cells. miCLIP-seq analyses revealed a plethora of m(6)A marks on 632 target mRNAs with an enrichment on 99 mRNAs associated with apoptosis. Interestingly, the m(6)A RNA modification patterns were quite different under cisplatin- and TNF-alpha-mediated apoptotic conditions. We then examined the abundance and translational efficiencies of several mRNAs under METTL3 knockdown and/or TNF-alpha treatment conditions. Our analyses showed changes in the translational efficiency of TP53INP1 mRNA based on the polysome profile analyses. Additionally, TP53INP1 protein amount was modulated by METTL3 knockdown upon TNF-alpha treatment but not CP treatment, suggesting the existence of a pathway-specific METTL3-TP53INP1 axis. Congruently, METLL3 knockdown sensitized HeLa cells to TNF-alpha-mediated apoptosis, which was also validated in a zebrafish larval xenograft model. These results suggest that apoptotic pathway-specific m(6)A methylation marks exist in cells and TNF-alpha-METTL3-TP53INP1 axis modulates TNF-alpha-mediated apoptosis in HeLa cells.
Citation - WoS: 4
Epitranscriptomics M⁶a Analyses Reveal Distinct M⁶a Marks Under Tumor Necrosis Factor Α (tnf-Α) Apoptotic Conditions in Hela Cells
(Wiley, 2024) Akçaöz Alasar, Azime; Tüncel, Özge; Sağlam, Buket; Gazaloğlu, Yasemin; Atbinek, Melis; Çağıral, Umut; Akgül, Bünyamin
Tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) is a ligand that induces both intrinsic and extrinsic apoptotic pathways in HeLa cells by modulating complex gene regulatory mechanisms. However, the full spectrum of TNF-alpha-modulated epitranscriptomic m(6)A marks is unknown. We employed a genomewide approach to examine the extent of m(6)A RNA modifications under TNF-alpha-modulated apoptotic conditions in HeLa cells. miCLIP-seq analyses revealed a plethora of m(6)A marks on 632 target mRNAs with an enrichment on 99 mRNAs associated with apoptosis. Interestingly, the m(6)A RNA modification patterns were quite different under cisplatin- and TNF-alpha-mediated apoptotic conditions. We then examined the abundance and translational efficiencies of several mRNAs under METTL3 knockdown and/or TNF-alpha treatment conditions. Our analyses showed changes in the translational efficiency of TP53INP1 mRNA based on the polysome profile analyses. Additionally, TP53INP1 protein amount was modulated by METTL3 knockdown upon TNF-alpha treatment but not CP treatment, suggesting the existence of a pathway-specific METTL3-TP53INP1 axis. Congruently, METLL3 knockdown sensitized HeLa cells to TNF-alpha-mediated apoptosis, which was also validated in a zebrafish larval xenograft model. These results suggest that apoptotic pathway-specific m(6)A methylation marks exist in cells and TNF-alpha-METTL3-TP53INP1 axis modulates TNF-alpha-mediated apoptosis in HeLa cells.
Citation - WoS: 3
Citation - Scopus: 3
Expression Patterns of M6a Rna Methylation Regulators Under Apoptotic Conditions in Various Human Cancer Cell Lines
(TUBITAK, 2024) Alasar, Azime Akçaöz; Sağlam, Buket; Vatansever, İpek Erdoğan; Akgül, Bünyamin
Background/aim: Cancer is a complex disease that involves both genetic and epigenetic factors. While emerging evidence clearly suggests that changes in epitranscriptomics play a crucial role in cancer pathogenesis, a comprehensive understanding of the writers, erasers, and readers of epitranscriptomic processes, particularly under apoptotic conditions remains lacking. The aim of this study was to uncover the changes in the expression of m6A RNA modifiers under apoptotic conditions across various cancer cell lines. Materials and methods: Initially, we quantified the abundance of m6A RNA modifiers in cervical (HeLa and ME180), breast (MCF7 and MDA-MB-231), lung (A549 and H1299), and colon (Caco-2 and HCT116) cancer cell lines using qPCR. Subsequently, we induced apoptosis using cisplatin and tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) to activate intrinsic and extrinsic pathways, respectively, and assessed apoptosis rates via flow cytometry. Further, we examined the transcript abundance of m6A RNA modifiers under apoptotic conditions in cervical, breast, and lung cancer cell lines using qPCR. Results: Overall, treatment with cisplatin increased the abundance of m 6A modifiers, whereas TNF-α treatment decreased their expression in cervical, breast, and lung cancer cell lines. Specifically, cisplatin-induced apoptosis, but not TNF-α-mediated apoptosis, resulted in decreased abundance of METTL14 and FTO transcripts. Additionally, cisplatin treatment drastically reduced the abundance of IGF2BP2 and IGF2BP3 readers. Conclusion: These results suggest that the differential response of cancer cells to apoptotic inducers may be partially attributed to the expression of m6A RNA modifiers.
Citation - WoS: 10
Citation - Scopus: 10
Genomewide M6a Mapping Uncovers Dynamic Changes in the M6a Epitranscriptome of Cisplatin-Treated Apoptotic Hela Cells
(MDPI, 2022-12) Akçaöz, Azime; Tüncel, Özge; Gelmez, Ayşe Bengisu; Sağlam, Buket; Erdoğan Vatansever, İpek; Akgül, Bünyamin
Cisplatin (CP), which is a conventional cancer chemotherapeutic drug, induces apoptosis by modulating a diverse array of gene regulatory mechanisms. However, cisplatin-mediated changes in the m6A methylome are unknown. We employed an m6A miCLIP-seq approach to investigate the effect of m6A methylation marks under cisplatin-mediated apoptotic conditions on HeLa cells. Our high-resolution approach revealed numerous m6A marks on 972 target mRNAs with an enrichment on 132 apoptotic mRNAs. We tracked the fate of differentially methylated candidate mRNAs under METTL3 knockdown and cisplatin treatment conditions. Polysome profile analyses revealed perturbations in the translational efficiency of PMAIP1 and PHLDA1 transcripts. Congruently, PMAIP1 amounts were dependent on METTL3. Additionally, cisplatin-mediated apoptosis was sensitized by METTL3 knockdown. These results suggest that apoptotic pathways are modulated by m6A methylation events and that the METTL3–PMAIP1 axis modulates cisplatin-mediated apoptosis in HeLa cells.
Investigation of M1a and M6a Rna Methylations in Triple Negative Breast Cancer Cells
(2024) Sağlam, Buket; Akgül, Bünyamin
Meme kanseri dünya çapında kadınlarda en sık görülen kanser türüdür ve iki alt gruba ayrılır: invaziv lobuler ve invaziv duktal meme kanseri. Bunlardan invaziv duktal meme kanseri, %80 oranında dünya çapındaki meme kanserleri arasında yerini almaktadır. Üçlü negatif meme kanseri ise östrojen reseptörü, progesteron reseptörü ve insan epidermal büyüme faktörü reseptör 2'nin çoğaltılmasını gerçekleştiremeyen agresif bir meme kanseri alt türüdür. Kanser çalışmalarında RNA metilasyonları da hücrenin kaderine etkilerini kanıtlamış önde gelen modifikasyonlardır. Bütün metilasyonlarda olduğu gibi, m6A ve m1A de yazıcı, okuyucu ve silici proteinlerin yardımı ile gerçekleştirilen dinamik bir düzenleme mekanizmasına sahiptir. Bu proteinler, kanser türlerine göre farklı ifadelenme seviyelerine sahiptirler. Bu karakteristik özellikleri ile tedavi ve tespit amaçlı kullanılmaları hedeflenmektedir. Mevcut tez çalışmasında, yazıcı proteinleri olan METTL3 ve TRMT61A proteinlerinin susturulması sonrası, m6A ve m1A metilasyonlarının etkilerinin ve karşılaştırılmasının üçlü negatif meme kanseri hücrelerinden biri olan HCC1143 hücre hattında incelenmesi amaçlanmıştır. Öncelikle, METTL3 susturulması sonrası 72 saatte, maksimum düzey olan %41,2 oranında m6A miktarında azalma gözlenmiştir. Ardından fenotipik etkileri incelemek amaçlı gerçekleştirilen canlılık deneylerinde, METTL3 ve TRMT61A'nın susturulması ile sırasıyla %40,1 ve %27,4 azalma gözlemlendi. Ek olarak, TRMT61A'nın yıkılmasının aksine, yalnızca m6A metilasyonunun azalması sonucu G2/M fazında duraksama gözlenmiştir. m6A miktarının azaltılması sonucu 585 artan/azalan gen ve m1A metilasyonun azaltılması sonucu 687 artan/azalan gen tespit edilmiştir. Bunlardan 151 gen ortak olarak değişkenlik göstermiştir. Gen Ontolojisi zenginleştirme analizleri sonucunda METTL3 yıkımında hücre migrasyonu ve hücre motilite yolakları yoğun olarak gözlenmiştir. m1A azalması sonucu ise bağışıklık sistemi ve canlılığı negatif yönde etkileyen yolaklarda değişkenlik gözlenmiştir.