Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/3008

Browse

Now showing 1 - 3 of 3

Alfa-Ketoglutaratın Maya (Saccharomyces Cerevisiae) Yaşlanması Üzerindeki Etkilerinin Proteomik Yaklaşımla Belirlenmesi
(2025) Yayla, Dilay; Karakaya, Hüseyin Çağlar; Demir, Ayşe Banu
Alfa-Ketoglutarat, hücre metabolizmasını, bazı amino asitlerin biyosentezini, kolajen sentezini, histon demetilasyonuyla epigenetik regülasyonu etkileyen bir metabolittir. AKG'nin yaşlanmayla ilişkisi üzerine farklı organizmalar kullanılarak araştırmalar, AKG'nin yaşlanmayı geciktirdiğini keşfetmiştir. Bu çalışmalar içinde genomik düzeydeki değişikliklere ya da AKG'ye bağlı spesifik proteinlerin seviyelerindeki değişikliklere yönelik çalışmalar olmasına rağmen tüm protein profili üzerine yapılmış kapsamlı bir proteomik çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, AKG uygulamasının maya hücrelerinin tüm protein profiline etkisini analiz ederek, hücresel düzeydeki etki mekanizmasının araştırılması amaçlanmıştır. Kontrol ve AKG uygulanmış maya hücrelerinin protein profilleri, LC-MS/MS analizi yapılarak incelenmiş, Proteome Discoverer LFQ modülüyle protein ifade farklılıkları analiz edilmiştir. Ham proteomik veriler filtrelenmiş ve 40 adet upregüle olmuş protein tespit edilmiştir. Bu proteinler moleküler fonksiyonlarına göre gruplandırıldığında, sürekli ekspresyon gösteren proteinlerin RNA bağlanması, transferaz, hidrolaz ve oksidoredüktaz fonksiyonları olduğu gözlemlenmiştir. Bu durum, AKG'nin metabolik aktiviteler, enerji üretimi, stres karşı direnç ve büyüme düzenlemesi üzerinde etkisi olduğunu düşündürmektedir. Alfa, alfa-trehaloz-fosfat sentazi, AP-1-benzeri transkripsiyon faktörü gibi yaşlanma ve stress direncini olumlu yönde etkileyen proteinler AKG uygulanmasının sonucunda upregüle olmuştur. Fakat, önceki Drosophila melanogaster, fare, ve insan üzerine yapılan genomik çalışmalarında otofaji ve mTOr gibi yaşlanma alakalı genler tespit edilmesine rağmen bizim proteomik çalışmamızda bu tür genlere rastlanmamıştır.
MikroRNA-142'nin Melanom Tümör Bağışıklığı Üzerindeki Rolünün İncelenmesi
(2025) Kayacan, Hilal; Ekiz, Hüseyin Atakan
MikroRNA'lar (miRNA'lar), gen ekspresyonunu post-transkripsiyonel düzeyde kontrol eden kısa, kodlamayan RNA molekülleridir ve genellikle hedef mRNA'ların 3′ UTR bölgelerine bağlanarak bu işlevi yerine getirirler. Bu etkileşim, proliferasyon, migrasyon, homeostaz ve apoptoz gibi temel hücresel işlevlerin düzenlenmesine yardımcı olur. Bu işlevlerin ötesinde, miRNA'lar bağışıklık düzenlenmesi, tümör progresyonu ve tümör mikroçevresinin modülasyonunda da rol oynarlar. Melanom, çok hızlı ilerleme eğilimi gösteren oldukça agresif bir cilt kanseri türüdür. Araştırmalar, belirli mikroRNA'ların tümör büyümesini ve bağışıklık hücrelerinin işlevlerini etkileyerek melanom gelişiminde rol oynadığını göstermektedir. Biyoinformatik analizler, melanom ve sağlıklı doku hücreleri arasında belirli miRNA'ların ekspresyon seviyelerinde önemli değişiklikler olduğunu ortaya koymakta ve bu moleküllerin tümör biyolojisindeki önemini vurgulamaktadır. Biyoinformatik analizimizde, melanomda CD8, interferon-gamma (IFNG) ve granzyme B (GZMB) gibi anti-tümör bağışıklık belirteçleri ile pozitif korelasyon gösteren miRNA'lara odaklandık; bu miRNA'ların bazılarını tümör progresyonu ve immün kaçış mekanizmalarında fonksiyonel olabileceği varsayımıyla inceledik. MiRNA-142, intratümoral bağışıklık belirteçleriyle güçlü ilişkileri sayesinde dikkat çeken bir aday olarak öne çıktı. MiRNA-142 üzerine yapılan çalışmalar sınırlı olup, genellikle uveal melanom üzerine yoğunlaşmış durumdadır; bu nedenle kutanöz melanom bağlamındaki rolü büyük ölçüde keşfedilmemiştir. Bu çalışma, hem fonksiyon kaybı (loss-of-function) hem de fonksiyon kazancı (gain-of-function) yaklaşımları kullanarak miRNA-142'nin kutanöz melanomdaki fonksiyonel rolünü araştırmayı amaçlamaktadır. Bu bağlamda, miRNA-142'nin hücresel işlevler üzerindeki etkisi in vitro çalışmalarla, tümör immün mikroçevresindeki rolü ise wild-type fareler kullanılarak yapılan in vivo deneylerle değerlendirilmiştir.
Tay-sachs Hastalığı Fare Hücrelerinde MiRNA'ların Biyolojik Rolünün Araştırılması
(2025) Kaya, Beyza; Seyrantepe, Volkan
Tay-Sachs hastalığı, HEXA geminin mutasyonu ve β-N-asetilheksosaminidaz A enzim eksikliğine bağlı bir lizozomal depo hastalığıdır. GM2 gangliozidinin lizozomal birikimi ve bozulmuş otofajik akış daha önce Tay-Sachs hastalığı fare modeli olan Hexa- /-Neu3-/-'de bildirilmiştir. Birkaç tedavi stratejisi araştırılmış olsa da Tay-Sachs hastalığı için küratif bir tedavi yoktur. ML-SA1 bir lizozomal kalsiyum kanalı agonistidir ve otofaji ve ekzositozu indükleme yeteneği çeşitli hastalıklarda bildirilmiştir. miRNA'lar, gen ekspresyonunu transkripsiyon sonrası düzenleyen kodlamayan küçük RNA'lardır. miRNA'ların düzensiz ekspresyonları birkaç lizozomal depo hastalığı için incelenmiştir. Ancak, Tay-Sachs hastalığında kapsamlı miRNA profillendirmesi ve ML-SA1 tedavisi hakkında bir çalışma yoktur. Bu çalışmada ML-SA1 ile tedavi edilmiş ve edilmemiş koşullarda Hexa-/-Neu3-/- fibroblastları ve nöroglialarının kapsamlı miRNA profillerini belirleyerek hastalık patolojisiyle ilişkili spesifik miRNA'ları tanımlamak ve ML-SA1'in lizozomal ekzositoz ve bozulmuş otofaji üzerindeki etkisini değerlendirmek amaçlanmıştır. Buna göre, yeni nesil dizileme ile birlikte enzim aktivite analizi, otofaji ve ekzositoz belirteçlerinin protein ve gen ekspresyon analizleri gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, ML-SA1 lizozomal ekzositozu artırmış ve otofajiyi indüklemiştir. Ancak otofajik temizlenme gözlemlenmemiştir. ML-SA1 uygulanmamış Hexa-/-Neu3-/- fibroblastlar ve nöroglialarda mmu-miR-672-5p ve mmu-miR-5624-3p, WT kontrollerine kıyasla önemli ölçüde yukarı regüle edilirken, mmu-miR-6940-3p önemli ölçüde aşağı regüle edilmiştir. ML-SA1 tedavisi üzerine, WT hücrelerine kıyasla mmu-miR-375-3p her iki hücre tipinde de önemli ölçüde yukarı regüle edilirken mmu-miR-7091-5p önemli ölçüde aşağı regüle edilmiştir ve mmu-miR-672-5p'nin yukarı regülasyonu etkilenmemiştir. Bu bulgular lizozomal kalsiyum modülasyonunun hastalık koşulları altında miRNA regülasyonunu belirgin şekilde etkilediğini göstermektedir.

Browse

Browsing Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri by Department "Lisansüstü Eğitim Enstitüsü / Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı"