Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/11096
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorSürmeli Eraltuğ, Nur Başak-
dc.contributor.authorGüralp, Gülceen_US
dc.date.accessioned2021-08-31T09:21:34Z-
dc.date.available2021-08-31T09:21:34Z-
dc.date.issued2020-12en_US
dc.identifier.citationGüralp, G. (2020). Rational design of hemoproteins for peroxidation reactions. Unpublished master's thesis, İzmir Institute of Technology, İzmir, Turkey-
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11147/11096-
dc.descriptionThesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Bioengineering, Izmir, 2020en_US
dc.descriptionIncludes bibliographical references (leaves: 62-65)-
dc.descriptionText in English; Abstract: Turkish and English-
dc.description.abstractBiocatalysts are important for the synthesis of fine chemicals and steroidal drugs in the biopharmaceutical industry. Cytochromes P450 (P450) monooxygenases are significant biocatalysts due to their high selectivity for oxidation reactions. CYP119 is the first characterized thermoacidophilic P450. CYP119 was isolated from Sulfolobus acidocaldirius. CYP119 enzyme shows high stability at low pH and high temperature. CYP119 can utilize the peroxidase shunt pathway in the catalytic cycle of P450. These abilities make CYP119 attractive biocatalyst for production of fine chemicals and drugs. In this study, Leu69Gly mutant CYP119 enzyme was cloned by site-directed mutagenesis. L69G and WT CYP119 was expressed successfully in Escherichia coli BL21 (DE3) cells with isopropyl β-D-1- thiogalactopyranoside (IPTG). This study shows that L69G mutation is important for binding to progesterone. This was predicted by in silico mutagenesis in a previous computational study. Isolation and purification of the WT and L69G CYP119 were carried out. Activity assays and substrate binding studies of the enzymes were performed and compared each other. L69G mutation did not cause significant effect on Amplex Red® oxidation and styrene epoxidation activities. L69G CYP119 (KS: 34.55 ± 7.4 μM) showed higher affinity for progesterone compared to WT CYP119 (KS: 69.8 ± 48.9 mM). A new product, thought to be hydroxylated progesterone, was formed as result of hydroxylation of progesterone by L69G CYP119 using peroxidase shunt pathway.en_US
dc.description.abstractBiyokatalizörler biyofarmasötik endüstrisinde pahalı kimyasalların ve steroid yapılı ilaçların sentezi için önemlidirler. Sitokrom P450 monoksijenazlar, oksidasyon reaksiyonlardaki yüksek seçiciliklerinden dolayı önemli biyokatalizörlerdir. CYP119 ilk karakterize termoasidofilik P450' dir. CYP119 Sulfolobus acidocaldirius' dan izole edilmiştir. CYP119 enzimi düşük pH ve yüksek sıcaklıklarda yüksek kararlılığa göstermektedir. CYP119 P450' lerin katalitik döngüsündeki peroksidaz şant yolağını kullanabilmektedir. Bu yetenekleri CYP119' u pahalı kimyasalların ve ilaçların üretiminde çekici bir katalizör yapmaktadır. Bu çalışmada, Leu69Gly mutant CYP119 enzimi bölgeye yönlendirilmiş mutajenez ile klonlanmıştır. L69G ve WT CYP119, izopropil β-D-l-tiyogalaktopiranosid (İPTG) ile Escherichia coli BL21 (DE3) hücrelerinde başarılı bir şekilde ekspres edilmiştir. Bu çalışmalar sonucunda L69G mutasyonunun progesteron bağlanması için önemli olduğu gözlenmiştir. Daha önceki çalışmada bilgisayar ortamında gerçekleştirilen simülasyonlar ile bu mutasyonun progesterone bağlanmasını arttıracağı tahmin edilmiştir. L69G ve WT CYP119 enzimlerinin izolasyonu ve saflaştırması gerçekleştirilmiştir. L69G ve WT CYP119 enzimlerinin aktivite analizleri ve substrata bağlanma çalışmaları yürütülmüştür ve birbiriyle karşılaştırılmıştır. L69G mutasyonu Amplex Red® oksidayonunda ve stiren epoksidayonunda önemli bir etkiye neden olmamıştır. L69G CYP119 (KS: 34.55 ± 7.4 μM), WT CYP119 (KS: 69.8 ± 48.9 mM) ile karşılaştırıldığında progesterona daha yüksek affinite göstermiştir. Peroksidaz şant yolağı kullanarak L69G CYP119 ile progesteron hidroksilasyonu gerçekleştirildiğinde yeni bir ürün tespit edilmiştir. Bu ürünün hidroksillenmiş progesteron olduğu düşünülmektedir.en_US
dc.format.extentxii, 65 leaves-
dc.language.isoenen_US
dc.publisher01. Izmir Institute of Technologyen_US
dc.relationHidrokarbonların Seçimli Oksidasyonu İçin Isıya Dayanıklı ve Yüksek Verimli Bir Biyokatalizör Elde Edilmesien_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectBiocatalystsen_US
dc.subjectCytochrome P450 proteinsen_US
dc.subjectHemoproteinsen_US
dc.titleRational design of hemoproteins for peroxidation reactionsen_US
dc.title.alternativePeroksidasyon reaksiyonları için hemoproteinlerin rasyonel tasarımıen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dc.departmentThesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Bioengineeringen_US
dc.contributor.affiliation01. Izmir Institute of Technologyen_US
dc.relation.grantno116Z380en_US
item.languageiso639-1en-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.grantfulltextopen-
item.cerifentitytypePublications-
item.fulltextWith Fulltext-
item.openairetypeMaster Thesis-
crisitem.author.dept01. Izmir Institute of Technology-
Appears in Collections:Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
655197.pdfMasterThesis24.05 MBAdobe PDFView/Open
Show simple item record



CORE Recommender

Page view(s)

222
checked on Feb 23, 2024

Download(s)

94
checked on Feb 23, 2024

Google ScholarTM

Check





Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.