Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/12531
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorElmacı Irmak, Nuranen_US
dc.contributor.authorDemirci, Fethi Canen_US
dc.date.accessioned2022-10-07T11:28:05Z-
dc.date.available2022-10-07T11:28:05Z-
dc.date.issued2022-07en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11147/12531-
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=sELqxhTlFGAjsbjOuuiyCMc7Aqszl_k6gP3S4dZUk6SBmf1qIGpC5A49AOKq1bAJ-
dc.descriptionThesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Chemistry, Izmir, 2022en_US
dc.descriptionIncludes bibliographical references (leaves. 31-34)en_US
dc.descriptionText in English; Abstract: Turkish and Englishen_US
dc.description.abstractIn this thesis, parametrization of cationic polythiophene (CPT) and molecular dynamics (MD) simulations of CPT with DNA complexes were performed to understand the behaviors of the CPT with DNA complex and CPT DNA complexes in different salt solutions (NaCl, KCl, MgCl2, CaCl2). The results of MD simulations show that the end-to-end distance of CPT is affected by both the type sequences and length of the DNA, and the addition of 20T elongates the backbone of the oligomer while 20A and MIX ssDNAs almost have no significant effect. When the complementary DNA chain is added to the duplex solutions, the backbone structure of the oligomer becomes very similar to its structure without ssDNAs since Ree values in both cases are almost the same. It was observed that the CPT-20A complex has a more random coil form than the CPT-20T complex. According to the interaction analysis of MD simulations, all the CPT-DNA duplexes except CPT-20A prefer electrostatic interaction rather than π-cation interaction. DNAs like to interact with the oligomer's side chain rather than its backbone in all systems. Thus, electrostatic interactions and the side chain of oligomer play an important role in the structure of duplexes with thymine which gets the highest response from the oligomer. The addition of 20T makes backbone of F0 more elongated and less compact. 20T has higher electrostatic and π-cation interactions. Thus, F0 is more sensitive to 20T than 20A and MIX.en_US
dc.description.abstractBu tez çalışmasında, uzun yan zincirli bir katyonik politiyofen için simülasyon veri tabanlarında olmayan kuvvet alanı parametreleri elde edildi. Katyonik politiyofenin farklı ortamlarda (Tuzsuz, NaCl, KCl, MgCl2, CaCl2) DNA ile kompleksleşmesini anlamak amacıyla moleküler dinamik simülasyonlar gerçekleştirilmiştir. Yapılan analizlerin sonucuna göre, DNA’nın sekansı ve uzunluğu CPT’nin baş-son uzunluğunu (Ree) etkilemiştir. CPT yanına 20T ssDNA eklenmesi polimer omurgasını uzatırken 20A ve MIX ssDNAlarının hemen hemen hiç etkisi olmadığı gözlenmiştir. Dublekslerin üzerine tamamlayıcı DNA zinciri eklendiğinde ise oligomerin yapısının kompleksleşmeden önceki haline dönüştüğü izlendi (Ree’leri yaklaşık olarak aynı). CPT-20A kompleksi COPT-20T kompleksine göre daha büzülmüş bir yapıya sahip olduğu görülmüştür (Rg değerine göre). MD simülasyonları sonuçlarına yapılan etkileşim analizlerine göre, CPT-20A hariç tüm CPT-DNA kompleksleri π-katyona göre elektrostatik etkileşimleri tercih etmektedir. DNA’ların çoğunlukla oligomerin iskeleti yerine yan zinciriyle etkileşmeyi seçtikleri gözlenmiştir. 20T’nin eklenmesi F0’ın omurgasını uzatıp daha az kompakt bir hale getirmiştir. 20T’de polimer ile daha fazla π-katyon ve elektrostatik etkileşimlere sahiptir. Dolayısıyla, F0 20T’ye 20A ve MIX e göre daha duyarlıdıren_US
dc.format.extentxii, 41 leavesen_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherIzmir Institute of Technologyen_US
dc.relationKatyonik Politiyofenler ve Fosfat Bazlı Biyolojik Bileşiklerin Moleküler Dinamik Simülasyonlarıen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccessen_US
dc.subjectMoleculer dynamics simulationsen_US
dc.subjectPolythiopheneen_US
dc.subjectCationic polythiophenesen_US
dc.subjectParametrizationen_US
dc.titleMolecular dynamics simulations of a cationic thiophene oligomer and a nucleotide complexen_US
dc.title.alternativeBir katyonik tiyofen oligomeri ve nükleotit kompleksinin moleküler dinamik benzetimlerien_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dc.authorid0000-0002-9809-9293en_US
dc.departmentThesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Chemistryen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.relation.grantno119Z100en_US
dc.identifier.yoktezid745433en_US
item.fulltextWith Fulltext-
item.cerifentitytypePublications-
item.openairetypeMaster Thesis-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.grantfulltextopen-
item.languageiso639-1en-
Appears in Collections:Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
10478512.pdfMaster Thesis3.72 MBAdobe PDFView/Open
Show simple item record



CORE Recommender

Page view(s)

162
checked on May 20, 2024

Download(s)

28
checked on May 20, 2024

Google ScholarTM

Check





Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.