Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/12977
Title: Bazik amino asit içeren çift-protonlanmış peptit iyonlarının gaz-fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometresi ile çalışılması
Authors: Yalçın, Talat
Keywords: Bazik amino asit
Peptit
CID
Gaz fazı reaksiyon mekanizması
Kütle spektrometresi
Issue Date: 2018
Abstract: Proteinler, hücre içindeki faaliyetlerin düzenlenmesinde önemli görevlere sahiptir. Protein içindeki amino asitlerin konumları, birbiriyle olan etkileşimleri, bazik veya asidik amino asitlerin peptit zincirine etkileri proteinlerin hücre içindeki rollerini belirlmekte ve hakkında önemli bilgiler vermektedir. Kütle Spektrometresi (MS) yöntemi, proteinlerdeki amino asit dizilimlerinin bulunmasında oldukça popüler yöntemdir. Proteinler enzimatik bölünmeye uğradığında (Tripsin), kesilmiş peptitlerin C terminalinde, her zaman lizin (K) veya arginin (R) gibi bir bazik amino asit bulunur. Amino asit dizilimlerinde, bazik amino asit ihtiva eden petit seriler ile, kolaylıkla çoklu protonlanmış peptit iyonları oluşturulabilinmektedir. Bu çalışmada, model olarak hepta peptit serileri kullanılmış ve dizilimlerinde bazik amino asitlerden, lisin (K), arjinin (R) ve histidin (H), ihtiva eden bu peptitler ile, bu aminoasitlerin pozisyon etkilerini araştırmak için peptit dizisi içinde yerleri değiştirilmiş ve bazik amino asitlerin (C terminaline ve N terminaline yakın) konumunun gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylı olarak çalışılmıştır. Sonuç olarak; bütün model peptidlerde, bazik amino asitlerin pozisyonları (N-ucundan sayılarak) 4, 5, 6, ve 7?ci pozisyonlarda olduğu zaman Klas 1 parçalanma mekanizmasına bağlı olarak gözlenen b2 ve y5 komplementeri iyonları gözlenebilmektedir. b2 ve y5 iyonlarının göreceli iyon şidetlerinin, bazik amino asitin C-ucuna yaklaştıkça arttığı gözlenmiştir. Pozisyon veya amino asidin yapısı b2 ve y5 iyonlarının oluşma mekanizmlarına bir etki gösterdiği görülmektedir. Alanin ihtiva eden birinci model peptit örneklerindeki çalışma sonuçlarına göre, b2 ve y5 iyonlarının, bazik amino asitler (N-ucundan sayıldığında) 3. cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlanmışken, aynı tür iyonlar, YAGFLV amino asit dizlimleri ihtiva eden diğer model peptit örneklerinde 4.cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlamışlardır. Sadece Serin ve Treonin amino asitleri diğerlerinden farklı davranış göstermiştir. Histidin C-ucunda bulunduğunda diğer sonuçların aksine, y5 ve b2 iyonu % 5-10 şiddete sinyal seviyesi göstermiştir.
URI: https://hdl.handle.net/11147/12977
Appears in Collections:Chemistry / Kimya
TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection

Files in This Item:
File SizeFormat 
document.pdf2.66 MBAdobe PDFView/Open
Show full item record



CORE Recommender

Page view(s)

62
checked on Feb 19, 2024

Download(s)

18
checked on Feb 19, 2024

Google ScholarTM

Check





Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.