Anti-apoptotik GTF2A1-AS uzun kodlamayan RNA’sının hücreiçi konumunun ve etkileştiği komplekslerin tanımlanması

Abstract

Apoptoz gerek normal gelişim esnasında, gerekse patolojik olgularda hücresel dengenin sağlanmasında oldukça önemlidir. Nitekim, apoptozun yavaşlaması veya engellenmesi kanser ve otoimmun hastalıklara yok açar iken, apoptoz oranında meydana gelen hızlanmalar akut ve kronik dejeneratif hastalıklara ve immun sistemde yetersizliklere yol açmaktadır. Bu nedenlerden ötürü, apoptozun düzenlenmesinde çok değişik makromoleküller görev yapmaktadır. Bu düzenlemeden sorumlu proteinlerin varlığı uzun süredir bilinmekte olup son yapılan çalışmalar kodlamayan RNA’ların da bu düzenlemede aktif rol oynadıklarını işaret etmektedir. Daha önce tamamlanan 113Z317 No.lu proje kapsamında yaptığımız transkriptomik bir tarama, GTF2A1 kodlayan genine antisense olan bir RNA transkriptinin (GTF2A1-AS olarak adlandırılmıştır) apoptozun düzenlenmesinde rol oynayabileceğine işaret etmiştir. GTF2A1-AS protein kodlamayan transkriptinin apoptozun düzenlenmesinde oynadığı rolün moleküler mekanizmasını aydınlatmak için yapılan 216Z137 No.lu bu TÜBİTAK projesinde HeLa hücreleri model olarak kullanılmıştır. Bu transkriptin koordinatları tam olarak raporlanmadığı için, öncelikle RACE (rapid amplification of cDNA ends) yaklaşımı kullanılarak transkriptin uç sekansları elde edilmiş ve RNA sekans verileriyle karşılaştırılmıştır. Sisplatin ile miktarında artış belirlediğimiz transkript çekirdekte lokalize olmaktadır. GapmeR ile susturma sonrası miktarı değişen mRNA transkriptleri PANTHER yazılımı ile incelendiğinde apoptotik işlevlerde değişim olduğu gözlenmiştir. İlave biyoinformatik analizler, etkilenen yolakların BCL2-p53 aksı üzerinde olabileceğini işaret etmiştir. Western blot sonuçları da bu verileri doğrulamaktadır. GTF2A1-AS transkriptinin etkileştiği proteinleri belirlemek için yapılan immümçöktürme çalışmalarında, GTF2A1-AS’in HIST2H4A, HNRNP-K ve HNRNPA2B1 proteinleriyle birlikte çöktüğü tespit edilmiştir. Sonuç olarak, HeLa hücrelerinde apoptozu düzenleme potansiyeline sahip GTF2A1-AS kodlamayan transkriptinin tam sekansı elde edilmiş, hücre içi lokalizasyonu ve etkileştiği proteinlerin bir kısmı tanımlanmıştır.