Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/6988
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorAkgül, Bünyaminen_US
dc.contributor.authorYaylak, Bilge-
dc.date.accessioned2018-11-19T10:41:08Z
dc.date.available2018-11-19T10:41:08Z
dc.date.issued2018-07
dc.identifier.citationYaylak, B. (2018). Indentification of circular ribonucleic acids differentially expressed in apoptotic HeLa cells. Unpublished master's thesis, Izmir Institute of Technology, Izmir, Turkeyen_US
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11147/6988
dc.descriptionThesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Molecular Biology and Genetics, Izmir, 2018en_US
dc.descriptionIncludes bibliographical references (leaves: 40-44)en_US
dc.descriptionText in English; Abstract: Turkish and Englishen_US
dc.description.abstractApoptosis is a mechanism of programmed cell death that is essential for survival, homeostatis and development. Various protein coding genes and non-coding RNAs were reported as apoptosis regulators. However, the potential roles of circular RNA in the regulation of apoptosis are still unknown. In this study, we have performed transcriptomics study to reveal differentially expressed, pathway-drug specific and/or global circRNAs in apoptotic HeLa cells. Cisplatin (CP), doxorubicin (DOX), Fas mAb(FAS) and TNF-alpha (TNF-a) were used to trigger apoptosis in HeLa cells. Apoptosis rates of three replicates of treatment and control cells were measured by flow cytometry and differentially expressed circular RNAs were identified by deep RNA sequencing. Circular RNA candidates were firstly sorted based on their significance according to pad j value, further classified based on fold change, pathway-drug specificity and source genes. Then, circular RNA candidates were analysed bioinformatically to obtain their coding potential, potential miRNA binding sites and involvement in possible apoptotic pathways. Furthermore, divergent primers were designed to validate backsplicing junction sequence of circular RNA candidates. RNAse R treatment was used to eliminate linear transcripts and enrich circular RNAs. The expression of candidate circular RNAs was analysed RNAse R treated samples. Backsplicing junctions of positive circular control circ-HIPK3 was validated by TA cloning and sequencing. Differential expression of positive control (circ-HIPK3), candidate-8 and candidate-6 were validated by quantitative PCR.en_US
dc.description.abstractApoptoz, hayatta kalma, dengeleşim ve gelişim için gerekli olan programlanmış hücre ölümü mekanizmasıdır. Çeşitli protein kodlayan genler ve kodlayıcı olmayan RNA'lar apoptoz regülatörleri olarak rapor edilmiştir. Bununla birlikte, apoptozis regülasyonunda halkasal RNA'nın potansiyel rolleri hala bilinmemektedir. Bu çalışmada,apoptotik HeLa hücrelerinde farklı şekilde ifade edilen, yolak-ilaç spesifik ve / veya global halkasal RNA'ları ortaya çıkarmak için transkriptomik çalışma gerçekleştirdik. HeLa hücrelerinde apoptozu tetiklemek için sisplatin, doksorubisin, Fas mAb ve TNFalfa kullanılmıştır. İlaçla muamele edilmiş hücreler ve kontrol hücrelerinin üç tekrarının apoptoz oranı akış sitometrisi ile ölçülmüş, farklı şekilde ifade edilen halkasal RNA'lar derin RNA dizilemesi ile tanımlanmıştır. Farklı olarak ifade edilen halkasal RNA adayları, ilk olarak padj değeri baz alınarak anlamlılıklarına göre sıralanmış daha sonra kat değişimi, yolak-ilaç spesifisitesine ve kaynak aldıkları genlere dayalı olarak sınıflandırılmıştır. Daha sonra, halkasal RNA adayları, onların kodlama potansiyellerini, potansiyel mikro RNA bağlama bölgelerini ve olası apoptotik yolaklara katılımlarını elde etmek için biyoinformatik olarak analiz edilmiştir. Ayrıca ıraksak primerler halkasal RNA adaylarının geri birleşme bağlantı dizisini doğrulamak için tasarlanmıştır. Lineer transkriptleri ortadan kaldırmak ve halkasal RNA'ları zenginleştirmek için RNAse R uygulaması yapılmıştır. Halkasal RNA adaylarının ifadesi RNAse R ile muamele edilmiş örnekte analiz edilmiştir. Halkasal pozitif kontrolün geri birleşme bağlantı dizisi TA klonlama ve dizileme ile doğrulanmıştır. Pozitif kontrol (circ-HIPK3), aday-8 ve aday-6 nın farklı ifadesi kantitatif PCR ile doğrulanmıştır.en_US
dc.description.sponsorshipTUBITAK (Scientific and Technological Research Council of Turkey) (Project No: 215Z081)en_US
dc.format.extentix, 44 leavesen_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherIzmir Institute of Technologyen_US
dc.relationinfo:eu-repo/grantAgreement/TUBITAK/KBAG/215Z081en_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectApoptosisen_US
dc.subjectCircular RNAsen_US
dc.subjectDeep sequencingen_US
dc.subjectRNAse Ren_US
dc.subjectTranscriptomicsen_US
dc.titleIndentification of circular ribonucleic acids differentially expressed in apoptotic HeLa cellsen_US
dc.title.alternativeApoptotik HeLa hücrelerinde farklı ifade edilen halkasal ribonükleik asitlerin tanımlanmasıen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dc.institutionauthorYaylak, Bilge-
dc.departmentThesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Molecular Biology and Geneticsen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
item.openairetypeMaster Thesis-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.grantfulltextopen-
item.fulltextWith Fulltext-
item.languageiso639-1en-
item.cerifentitytypePublications-
Appears in Collections:Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
T001746.pdfMasterThesis2.23 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show simple item record



CORE Recommender

Page view(s)

134
checked on Apr 8, 2024

Download(s)

70
checked on Apr 8, 2024

Google ScholarTM

Check





Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.