Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/6989
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorFrary, Anneen_US
dc.contributor.advisorEroğlu, Seçkinen_US
dc.contributor.authorKök, Aysu Başak-
dc.date.accessioned2018-11-19T11:17:38Z
dc.date.available2018-11-19T11:17:38Z
dc.date.issued2018-07
dc.identifier.citationKök, A. B. (2018). Elecidation of selenium tolerance mechanisms in Puccinellia distans (Jacq.) Parl, using a transcriptomic approach. Unpublished master's thesis, Izmir Institute of Technology, Izmir, Turkeyen_US
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11147/6989
dc.descriptionThesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Molecular Biology and Genetics, Izmir, 2018en_US
dc.descriptionIncludes bibliographical references (leaves: 61-70)en_US
dc.descriptionText in English; Abstract: Turkish and Englishen_US
dc.description.abstractSelenium (Se) has a versatile chemistry. Therefore, it is present in a wide variety of materials on Earth. Although it is not an essential element for plants, Se provides several survival and ecological advantages. Puccinellia distans (P.distans) is weeping alkali grass which has a relatively fast growth rate and produces a large biomass. It can also hyperaccumulate extreme concentrations of boron and tolerate high levels of salinity. It is known that some plant species can tolerate high concentrations of soil salts and boron while hyperaccumulating Se in their leaves. Therefore, in this study, the Se accumulation and tolerance capacity of P. distans were investigated, and the plant’s Se tolerance mechanism was elucidated using a transcriptomic approach. The results of this study indicated that P. distans accumulated more than 100 mg Se kg-1 in its shoots. Therefore, P. distans was discovered to be a novel Se accumulator plant. Biochemical analyses and RNA sequencing results helped us to decipher the Se tolerance and accumulation mechanism of P. distans. Accordingly, the tolerance mechanism was found to be associated with the upregulation of genes involved in sulfate, selenocompound and antioxidant pathways. Here, we suggest that upregulation of Se assimilation and stress responses genes may have been due to induction of jasmonic acid signaling. In addition, we propose that the cell wall may play an important role in restriction of Se movement to the cytoplasm. Also, we put forward that sequestration of selenate inside the vacuole may be a way that Se accumulates in cells.en_US
dc.description.abstractSelenyum (Se), farklı durumlara adapte olabilen bir kimyaya sahiptir. Bu nedenle, dünya üzerinde birçok materyal içinde bulunabilir. Se bitkiler için gerekli bir element olmamasına karşın, bitkilere yaşamını sürdürme konusunda ve ekolojik anlamda birçok avantaj sağlar. Puccinellia distans (P. distans) nispeten hızlı büyüyen ve geniş biyokütle üreten bir çorak çimidir. Ayrıca, son derece yüksek konsantrasyonlarda boru biriktirebilir ve yüksek tuz konsantrasyonlarına dayanabilir. Günümüzde bazı bitki çeşitlerinin yüksek bor ve tuz konsantrasyonlarına dayanabilirken, selenyumu da yapraklarında hiperakümüle edebildiği bilinmektedir. Bu nedenle, bu çalışmada P. distans bitkisinin Se akümülasyon ve tolerans kapasitesi araştırılıp, tolerans mekanizması transkriptomik yaklaşım kullanılarak aydınlatılmaya çalışılmıştır. Çalışmanın sonuçları P. distans’ın >100 mg kg-1 ‘dan fazla selenyumu yapraklarında biriktirdiğini göstermiştir. Bu nedenle, P. distans’ın yeni bir Se akümülatör bitki olduğu keşfedilmiştir. Biyokimyasal analizler ve RNA sekanslama sonuçları P. distans bitkisinin Se tolerans ve akümülasyon mekanizmasını açığa çıkarmak konusunda yardımcı olmuştur. Buna göre, tolerans mekanizmasının sülfat, selenyum bileşiği ve antioksidan yolaklarının upregulasyonuyla alakalı olduğu bulunmuştur. Burada, Se asimilasyon ve antioksidan yolaklarının ve stres cevap yolaklarının upregulasyonunun, jasmonik asit sinyalizasyonundan kaynaklanabileceğini, buna ek olarak hücre duvarının selenyumun sitoplazmaya geçişinin engellenmesinde önemli bir rolü olduğunu önerdik. Ayrıca, selenatın koful içeresinde tutulmasının da bir çeşit Se akümülasyon yolu olabileceğini ileri sürdük.en_US
dc.format.extentx, 70 leavesen_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherIzmir Institute of Technologyen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectSelenium accumulationen_US
dc.subjectRNA sequencingen_US
dc.subjectPhytomediationen_US
dc.subjectSeleniumen_US
dc.subjectPuccinellia distans (Jacq.) Parl.en_US
dc.titleElecidation of selenium tolerance mechanisms in Puccinellia distans (Jacq.) Parl, using a transcriptomic approachen_US
dc.title.alternativePuccinellia distans (Jacq.) Parl.'da selenyum tolerans mekanizmalarının transkriptomik yaklaşım kullanarak anlaşılmasıen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dc.institutionauthorKök, Aysu Başak-
dc.departmentThesis (Master)--İzmir Institute of Technology, Molecular Biology and Geneticsen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
item.languageiso639-1en-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.grantfulltextopen-
item.cerifentitytypePublications-
item.fulltextWith Fulltext-
item.openairetypeMaster Thesis-
Appears in Collections:Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Sürdürülebilir Yeşil Kampüs Koleksiyonu / Sustainable Green Campus Collection
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
T001745.pdfMasterThesis3.19 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show simple item record



CORE Recommender

Page view(s)

118
checked on Feb 19, 2024

Download(s)

80
checked on Feb 19, 2024

Google ScholarTM

Check





Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.