Ekiz, Hüseyin AtakanDurmuş, Kadir Ziya2025-11-252025-11-252025https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=ftqJzTasnJUH9hg-S5861kkfMGDLqnfOGR1XKnOHSf1XLdO-Flaz4S4GS0c9A3JJhttps://hdl.handle.net/11147/18701Bu tez çalışması, uzun kodlamayan RNA'lardan (lncRNA) biri olan NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response)'in BRAF mutasyonu taşıyan melanom hücrelerinde interferon (IFN) uyarılı gen ekspresyonu üzerindeki etkilerini incelemek-tedir. NRAV daha önce viral enfeksiyon modellerinde interferon yanıtını baskıladığı gösterilmiş bir molekül olmasına rağmen, tümör immünolojisindeki rolü net olarak ortaya konmamıştır. Bu çalışma, NRAV'ın melanom bağlamında bağışıklık sistemine karşı nasıl işlev gördüğünü deneysel olarak değerlendiren ilk çalışmalardan biridir. TCGA-SKCM veri seti üzerinde yapılan biyoinformatik analizlerde, yüksek NRAV ekspresyonunun IFN-α, IFN-γ ve inflamasyon yollarını baskıladığı; bununla birlikte düşük hasta sağkalımıyla ilişkili olduğu gösterilmiştir. A375 melanom hücre hattında oluşturulan NRAV aşırı ekspresyon ve susturma modellerinde yapılan IFN-α ve IFN-γ uygulamaları sonrası, interferon uyarılı genlerin ekspresyon düzeylerinde belirgin farklılıklar gözlenmiştir. NRAV susturulduğunda bu genlerin ekspresyonu artarken, aşırı ekspresyon durumunda baskılanmıştır. Ancak hücre canlılığı ve prolife-rasyon deneylerinde NRAV'in fazla etki yaratmadığı görülmüştür. Hatta literatürün aksine NRAV baskılanmasının kısmi olarak melanom hücre proliferasyonunu arttırdı-ğı görülmüştür. Bu durum NRAV'in hücre canlılığı ve proliferasyona etkisinin tümör tipine özgü olabileceğini ve belki de immünojenik hücre ölümüyle ilişkili olabileceği-ni düşündürmektedir. Epigenetik analizler, NRAV'ın özellikle H3K27me3 düzeylerini artırarak kromatin bazlı baskılama mekanizmalarıyla işlev görebileceğinin ortaya koymuştur. Ayrıca LC-MS/MS analizleri, NRAV'ın YTHDF2 gibi m6A okuyucu pro-teinlerle fiziksel olarak etkileşime girebileceğini göstermiştir. NRAV, interferon yanı-tını hem epigenetik hem de post-transkripsiyonel düzeyde baskılayan bir lncRNA ola-rak melanomda immün kaçışı destekleyici potansiyele sahiptir. Bu nedenle terapötik hedef ve biyobelirteç adayıdır.This study investigates the regulatory role of NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response), a long non-coding RNA (lncRNA), in interferon (IFN)-stimulated gene expression in BRAF-mutant melanoma. While NRAV has previously been linked to suppression of antiviral IFN responses, its function in tumor immunology remains unexplored. This work represents one of the first experimental efforts to characterize NRAV's immune-modulatory role in melanoma. Bioinformatic analyses using the TCGA-SKCM dataset revealed that high NRAV expression is associated with downregulation of IFN-α, IFN-γ, and inflammato-ry gene signatures, along with reduced overall survival. In A375 melanoma cells, NRAV overexpression and knockdown models showed that NRAV represses the ex-pression of ISGs following IFN treatment. Knockdown increased ISG expression, while overexpression led to their suppression. Interestingly, cell viability and proliferation assays revealed limited or unexpected effects. NRAV knockdown slightly enhanced proliferation, contrary to its proposed suppressive function, suggesting a context-dependent role potentially linked to immunogenic cell death. Mechanistically, ChIP showed increased H3K27me3 levels of ISGs in NRAV-overexpressing cells, indicating transcriptional repression. LC-MS/MS analysis further demonstrated NRAV's physical interaction with YTHDF2, a key m6A reader protein. In summary, NRAV appears to modulate IFN responses via both epigenetic and post-transcriptional mechanisms, potentially facilitating immune evasion in melano-ma. These findings support its candidacy as a prognostic biomarker and therapeutic target. Further studies using CRISPR models, co-culture systems, and in vivo experi-ments are needed to clarify its functional impact.enBiyolojiBağışıklık YanıtıKodlamayan RNAMelanomRNATümör Hücreleri-kültürü YapılmışTümör MikroçevresiInterferon-GammaInterferonlarBiologyImmune ResponseNon-coding RNAMelanomaRNATumor Cells-CulturedTumor MicroenvironmentInterferon-GammaInterferonsMaster Thesis