TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection

Permanent URI for this collectionhttps://hdl.handle.net/11147/7149

Browse

Now showing 1 - 20 of 796

Lityumun Hidrometalurjisi: Kitosan-Lityum İyon Elek Kompoziti Kullanılarak Jeotermal Tuzlu Sulardan Seçici Ayırma
(2025) Recepoğlu, Yaşar Kemal; Özşen, Aslı Yüksel; 01. Izmir Institute of Technology; 03. Faculty of Engineering; 03.02. Department of Chemical Engineering
Bu çalışmada, kitosan kaplı lityum manganez oksit kompoziti (CTS/LMO) kullanılarak jeotermal tuzlu sulardan lityumun (Li) seçici olarak geri kazanılması araştırılmıştır. Türkiye'deki Germencik ve Tuzla'dan elde edilen ve farklı fizikokimyasal özelliklerle karakterize edilen jeotermal tuzlu sular, adsorpsiyon performansını değerlendirmek için kullanılmıştır. Freundlich izotermi, adsorpsiyon verileri için en iyi uyumu sağlayarak heterojen ve çok katmanlı adsorpsiyonu göstermektedir ve Langmuir izoterminden elde edilen Germencik için maksimum adsorpsiyon kapasiteleri 3.622 mg/g ve Tuzla için 3.556 mg/g'dır. Kinetik çalışmalar, lityum adsorpsiyonunun Germencik için psödo-birinci dereceden bir model (R2 = 0.992) ve Tuzla için psödo-ikinci dereceden bir model (R2 = 0.914) izlediğini ortaya koymuştur. Parçacık içi difüzyon modeli, sınır tabakası difüzyonunu önemli bir hız sınırlayıcı adım olarak tanımlanmıştır ve Germencik için 0,365 mg/g·h0,5 ve Tuzla için 0,588 mg/g·h0,5 difüzyon hız sabitleri elde edildi. Mekanistik çalışmalar, iyon değişiminin baskın adsorpsiyon mekanizması olduğunu göstermiştir ve Germencik için 8,64 kJ/mol ve Tuzla için 9,13 kJ/mol adsorpsiyon enerji değerleri ile desteklenmiştir. Optimal koşullar, Germencik için %95 ve Tuzla için %80 lityum geri kazanım verimliliği sağlamıştır. Farklılıkların tuzluluk ve iyonik bileşimdeki değişikliklerden kaynaklandığı düşünülmektedir.. CTS/LMO, Li'yi %69,03 verimlilikle 241 BV'ye kadar etkili bir şekilde tutarken, desorpsiyon 9 BV'de 43 mg/L'de zirveye ve bir model çözeltiyle kolon çalışmasında da %76 elüsyon verimliliğine ulaşmıştır. Bu bulgular, CTS/LMO'nun jeotermal tuzlu sulardan Li geri kazanımı için etkili ve sürdürülebilir bir adsorban olarak potansiyelini ortaya koyarak, yenilenebilir enerji uygulamalarında Li'ye olan talebin artmasına katkıda bulunmaktadır.
An Atmospheric Impact Assessment of Water-Based Hydrogen Production Methods: Sustainability Evaluation
(2025) Goren, Aysegul Yagmur; 01. Izmir Institute of Technology; 03. Faculty of Engineering; 03.07. Department of Environmental Engineering
Population growth and urbanization have significantly affected the energy demand and environmental contaminant levels worldwide. Currently, global warming with greenhouse gas emissions, air pollution, acid rain, environmental degradation, and depletion of energy resources are all consequences of utilizing fossil fuel-powered energy infrastructure. Hence, renewable energy-powered alternative energy resources must be considered to minimize atmospheric emissions and environmental contaminants. Hydrogen (H2) has become a viable fuel to satisfy energy needs, and in recent years, there has been a lot of interest in green H2 production, particularly using electrolysis processes that produce no emissions. In this regard, this paper utilized the atmospheric emission assessment software to evaluate atmospheric contaminants from the alkaline electrolysis (AE), proton exchange membrane-based electrolysis (PEM), and solid oxide electrolysis (SOE) processes. Among these processes, the highest CO2 emission comes from the PEM electrolysis process, accounting for 4.68 kg-CO2/kg-H2, while the AE process provides the minimum total CO2 emissions of 3.28 kg-CO2/kg-H2. A similar trend was observed in the particulate matter (PM) emissions, and the PM2.5 emissions were 1.36, 1.30, and 1.24 kg-PM2.5/kg-H2 for PEM, SOE, and AE processes, respectively. Moreover, the environmental impact parameters of the processes were assessed, and the lowest global warming potential (GWP) of 3.32 kgCO2-eq./kg-H2 was obtained for the AE process. Accordingly, these results demonstrated that energy production techniques may be completely environmentally sustainable by substituting fully sustainable resources for the energy sources employed in current H2 production methods.
Citation - WoS: 2
Citation - Scopus: 1
Çelik Fiber Katkısının Farklı Boyuna Donatı Oranına Sahip Betonarme Döşemelerin Zımbalama Davranışı Üzerinde Etkileri
(2019) Saatci, Selcuk; Yasayanlar, Suleyman; Yasayanlar, Yonca; Batarlar, Baturay; 01. Izmir Institute of Technology; 03. Faculty of Engineering; 03.03. Department of Civil Engineering
Sunulan çalışmada her iki yönde birbirine dik 0,004 (D1 serisi) ve 0,002 (D2 serisi) oranında boyuna donatıiçeren 2150x2150x150 mm boyutlarında iki grup betonarme döşeme, hacimce %0, %0,5, %1 ve %1,5oranında çelik fiber katkısı içeren beton karışımlarıyla dökülmüştür. Üretilen toplam sekiz döşeme ortanoktalarından statik yük altında test edilmişlerdir. Çelik fiber katkısı olmayan numunelerde yüksek boyunadonatı oranına sahip döşeme boyuna donatısında akma gerçekleşmeden gevrek bir şekilde zımbalamagöçmesi oluşurken düşük boyuna donatı oranına sahip döşeme zımbalama gerçekleşmeden önce çok dahasünek bir davranış göstermiştir. Çelik fiber katkısı her iki boyuna donatı oranında da iki kata varan oranlardazımbalama dayanımı artışlarına sebep olmuştur. Ancak D1 serisi döşemelerde çelik fiber katkısı maksimumyer değiştirmeleri önemli ölçüde arttırırken D2 serisinde maksimum yer değiştirmelerde önemli bir farkoluşmamış, bu döşemelerin yer değiştirmesi boyuna donatının akması tarafından kontrol edilmiştir. Çelikfiber katkısı oranının arttırılması D1 serisi döşemelerde dayanımın ve maksimum yer değiştirmelerinartmasına sebep olurken, D2 serisi döşemelerde %1'in üstü çelik fiber katkı oranları davranışta önemli birfark oluşturmamıştır. Yapılan deneyler Kritik Kesme Çatlağı Teorisi kullanılarak analitik olarakmodellenmiş ve bu tip modelleme ile ilgili bazı iyileştirmeler önerilmiştir.
Experimental Investigation of Refractive Index Measurement of Common Solvents and Aqueous Solutions in the Infrared Wavelengths
(2018) Yüksel, K.; İde, C; 01. Izmir Institute of Technology; 03. Faculty of Engineering; 03.05. Department of Electrical and Electronics Engineering
We proposed and experimentally demonstrated a fast and simple technique to measure refractive index of liquids. A commercial Optical Time-Domain Reflectometer (OTDR) was implemented for interrogating sensor tips from a remote location. The system uses Fresnel reflected light from standard single mode fiber tips as sensing points without requiring any chemical coating, delicate fiber components, and/or sophisticated architecture at the sensor head. We reported new measurements of refractive indices of common solvents and solutions at both 1550 nm and 1625 nm. The precision of the proposed measurement system was found to be in the order of 10-4. The experimental results have been validated by the way of theoretical calculations.
Medical Text Classification Using Semisupervised Learning and Bert-Based Models
(2025) Soygazı, Fatıh; Oguz, Damla
Tıbbi metin sınıflandırması, yetersiz eğitim verisi gibi zorluklarla karşılaşarak karmaşık tıbbi metinleri düzenlemektedir. Bu çalışma, sağlık sorunları özetleri ve etiketleri içeren bir veri setine dayanarak tıbbi metinleri sınıflandırmak için yeni bir yöntem önermektedir. Etiketli veri setimize veri temsil teknikleri uyguladık ve metin sınıflandırması için çeşitli makine öğrenmesi algoritmaları kullandık. İlk sonuçlar, sınırlı etiketli veriler nedeniyle yeterli bulunmamıştır. Bunu geliştirmek için, etiketli verileri zenginleştirmek amacıyla etiketlenmemiş bir veri seti kullanarak veri artırma teknikleri uyguladık; bu süreçte BERT tabanlı modeller (BioBERT, ClinicalBERT) kullanılmıştır. Yeni etiketli kayıtları doğrulamak ve veri setine eklemek için çoğunluk oylama ve ağırlıklı çoğunluk oylama gibi farklı oylama mekanizmaları kullanılmıştır. Etiketli verileri artırdıktan sonra, makine öğrenmesi algoritmalarını yeniden uygulanmıştır. Sonuçlar, yaklaşımımızın tıbbi metin sınıflandırmasının performansını önemli ölçüde artırdığını, sınırlı etiketli verilerin getirdiği zorlukları etkili bir şekilde ele aldığını ve genel doğruluğu artırdığını göstermiştir.
Fabrication and Characterization of Ni-based Electrodes for Improved NiZn Battery Performance
(2025) Cihanoğlu, Gizem; 01. Izmir Institute of Technology
Bu çalışmada, nikel-çinko (NiZn) bataryasında nikel elektrot olarak kullanılmak üzere aktif malzeme olan nikel hidroksit (Ni(OH)2) tozlarını sentezlemek için hidrotermal yöntem kullanılmıştır. Hazırlanan Ni elektrotlardaki katot malzemesini karakterize etmek için X-ışını kırınımı (XRD), taramalı elektron mikroskobu (SEM), zeta potansiyeli, Brunauer-Emmett-Teller (BET) ve elektrokimyasal performans testleri kullanılmıştır. Sonuçlar, kristal yapıya sahip β-fazlı nano boyutta küresel Ni(OH)2 partiküllerin sentezlendiğini göstermiştir. Elektrokimyasal test sonuçları ise Ni elektrodun yarı hücrede kararlı bir çevrim döngüsüne sahip olduğunu göstermiştir. Elektrokimyasal performans sonuçlarına göre, sentez sıcaklığı 70oC olan ve sentez sonrası 3 saat boyunca bekletildikten sonra elde edilen Ni(OH)2 tozları ile hazırlanan Ni elektrot (Ni_pH12_3h_70oC) en iyi performans gösteren metal hidroksit olmuştur. Nikel elektrotlar birbiriyle karşılaştırıldığında, NiCoZn elektrot yüksek OER (oksijen evrim reaksiyonu) ve ORR (oksijen indirgeme reaksiyonu) aktiviteleri sergilemiştir, çünkü kobalt ve çinko oksitlerin nikel ile kombinasyonu mükemmel elektrolit erişim kabiliyeti ve aktif malzeme boyunca etkili iyon transferi sağlamaktadır. NiZn batarya içerisinde kullanılan NiCoZn elektrotu 10 mA cm-2 akım yoğunluğunda 192,7 mAh gaktif-1 değere ulaşarak yüksek bir kapasite ve kararlı bir çevrim döngüsü (10 mA cm-2'de 70 çevrim döngüsü sonucunda) sergilemiştir. NiCoZn elektrodu Ni, Co ve Zn arasındaki mükemmel etkileşmi ile, yüksek başlangıç potansiyeli ve akım yoğunluğu sergilemiş; bu da NiCoZn elektrotun NiZn bataryalardaki Ni-tabanlı elektrotlar için yüksek performanslı bir konfigürasyon olarak umut verici bir aday olduğunu göstermiştir.
Mimari Tasarım Sürecinde Kapsayıcı Sanal Gerçeklik Kullanımının Araştırılması
(2025) Keskin, Yeliz; Kurpınar, Gönenç; Çevik, Aslıhan; 01. Izmir Institute of Technology
Bu çalışma, kapsayıcı sanal gerçeklik (iVR) teknolojisinin mimari tasarım sürecindeki rolünü ve mimari projelerin mimari hizmet alan kişilere yönelik sunumundaki etkisini değerlendirmeyi amaçlayan bir ön çalışmadır. Kapsayıcı sanal gerçeklik teknolojisi (iVR), kullanıcıların üç boyutlu sanal ortamlarda mekânsal algı ve etkileşim kapasitelerini artırarak mimari tasarım ve temsil süreçlerine yenilikler sunmaktadır. Araştırmada, kapsayıcı sanal gerçeklik teknolojisinin (iVR) mimari tasarımcılar ve mimari hizmet alan kişiler (müşteriler) üzerindeki etkisi iki ana yöntemle incelenmiştir. Bu yöntemler, altı adet tasarımcı ile yapılan yarı yapılandırılmış görüşmeler ve sekiz müşteriyle gerçekleştirilen anket çalışmalarıdır. Bu kapsamda, çalışma hem profesyonel tasarım sürecindeki hem de müşteri sunumlarındaki deneyimleri kapsamlı bir şekilde değerlendirmeyi hedeflemiştir. Araştırmanın temel amacı, iVR’nin mekânsal algı, tasarım süreçlerine etkisi ve müşteri memnuniyeti üzerindeki potansiyelini ortaya koymaktır. Araştırma bulgularının sonucu, iVR’nin özellikle tasarımcılar için tasarım doğrulama sürecinde güçlü bir araç olduğunu göstermektedir. Mimarlar, iVR’yi mesafe ve ölçülerin test edilmesi, malzeme kullanımının değerlendirilmesi ve iç mekân düzenlemelerinin doğrulanması açısından etkili bulmuştur. Çalışmada müşterilerin, iVR’nin sunduğu yüksek “buradalık” hissi sayesinde, projeleri daha iyi anladıkları ve değerlendikleri ortaya konmuştur. Müşteriler, iVR kullanımı sayesinde projenin sunduğu mekânsal deneyimi daha somut bir şekilde hissedebilmiştir. Bununla birlikte, iVR’nin plan şeması gibi daha üst ölçek sayılabilecek tasarım kararlarında sınırlı bir araç olduğı, alan yazını takiben, tekrar ortaya konmuştur. Bu durum, iVR’nin geleneksel temsil araçlarıyla birlikte kullanıldığında (diğer-merkezli bakış açısı sunan plan çizimleri ve kesit çizimleri gibi) daha etkili olabileceğini göstermektedir.
Smyrna’dan İzmir’e Dönüşümü Dil Çeşitliliği Bağlamında Yeniden Okumak
(2024) Gönülal, Yasemin Özcan; Özcan Gönülal, Yasemin; 01.01. Units Affiliated to the Rectorate; 01. Izmir Institute of Technology
İzmir (Smyrna), Doğu Akdeniz’in yaklaşık XVII. yüzyıldan XX. yüzyılın başına kadar çok kültürlü ve çok dilli şehirlerinden biri olmuştur. Bu bağlamda ‘Smyrna’dan İzmir’e dönüşüm’ ifadesi ile metaforik olarak Osmanlı İmparatorluğu sınırları içinde bir Akdeniz kenti olan Smyrna’nın bir Türk şehri olarak İzmir’e dönüşmesi kastedilmektedir. Bu çok kültürlü ortamın yarattığı ve şehrin dokusuna sinen muazzam tarihî ve kültürel miras, Osmanlı İmparatorluğu sınırları içerisinde çok az şehirde görebildiğimiz türdendir. 1922’den sonra İzmir’in modern bir Türk şehri olarak inşasında da bu kökler şüphesiz etkili olmuştur. Ancak kültürel mirasın taşıyıcısı olan dillerin birbirleriyle ilişkisine dair literatürdeki bilgiler oldukça sınırlıdır. Diller arasındaki alışveriş ve birbirleri arasındaki ödünçlemelerin tespiti bir kenti ‘anlama’nın yanı sıra; ağız bilimi (diyalektoloji) ve sözlük bilimi (leksikoloji) çalışmalarına da önemli katkılar sağlayacaktır. Bu incelemede öncelikli olarak bu dilsel mirası (language heritage) yaratan tarihsel ve kültürel doku ele alınacak; ardından, İzmir’de geçmişten günümüze konuşulduğu tespit edilen diller arasındaki ilişki değerlendirilecektir. Böylece söz konusu dillerle Türkçe arasındaki ilişkiye tarihsel bir perspektiften dikkat çekmek ve bu dillerden bazılarının İzmir diyalektine katkılarını ortaya koymak amaçlanmaktadır. Aynı zamanda, XIX. yüzyılın ikinci yarısından itibaren özellikle Balkanlar ve Kafkasya’dan göç yoluyla şehre gelenlerin dilleri de işaret edilerek henüz ortaya konmayan İzmir’in dil atlası için öncül bir çalışma sunmak hedeflenmektedir.
Mimari Tasarım Bürolarının Kurumsal Çevrenin Zorlayıcı Baskısına Karşı Stratejik Tepkileri
(2025) Çivici, Tülay; Kale, Serdar; 02.02. Department of Architecture; 02. Faculty of Architecture; 01. Izmir Institute of Technology
Bu çalışmada mimari tasarım bürolarının faaliyet gösterdiği kurumsal çevrelerinde karşılaştıkları baskılara karşılık verdikleri stratejik tepkiler incelenmiştir. Çalışmada tasarım odaklı pratik alanları olan mimari tasarım bürolarının öncelikli kurumsal çevre unsuru yapı ve imar yönetmeliklerine karşı izledikleri stratejiler araştırılmıştır. Anket yöntemiyle araştırma verileri toplanmıştır. Elde edilen veriler istatistiksel yöntemlerle analiz edilmiştir. Araştırma bulgularına göre mimari tasarım büroları kurumsal çevrelerinde pasif bir yaklaşım göstermektedir.
Su Kaynaklarından Lityum Geri Kazanımı için Fosforil-Fonksiyonlu Selüloz-Esaslı Adsorbanlar: Sentez, Adsorpsiyon ve Kinetik Çalışmaları
(2022) Özşen, Aslı Yüksel; Arar, Ozgur; 01. Izmir Institute of Technology
Bu proje kapsamında, selüloz ve fındık kabuğu atıkları fosforilasyon reaksiyonu ile fonksiyonelleştirilerek LiCl çözeltisinden ve jeotermal sulardan Li geri kazanımı üzerine çalışılmıştır. İlk olarak fosforile edilmiş fonksiyonel selüloz sentezlenmiştir. SEM, EDX, FTIR, BET, TGA, XRD ve XPS ile karakterizasyon çalışmalarının ardından adsorbent miktarı, başlangıç derişimi, sıcaklık, pH, temas süresi ve ortak iyon gibi çeşitli parametrelerin adorbentin lityum tutma kapasitesi üzerindeki etkileri incelenmiştir. Çeşitli adsorpsiyon modelleri ile denge verilerinin analizi sonucunda, Langmuir modeli ile adsorbentin maksimum adsorpsiyon kapasitesi 25°C'de 9.60 mg/g olarak bulunmuştur. Üç dakika içinde %80?lik lityum adsorpsiyonu, adsorbentin hızlı kinetik yapısını kanıtlamıştır. Farklı molaritelere sahip HCl ve NaCl arasında 0.5 M H2SO4 ile lityumun %99.5 desorpsiyon verimi elde edilmiştir. Tüm bu bulgular fosforile edilmiş fonksiyonel selülozun, lityumun sulu çözeltilerden geri kazanılması için uygun bir adsorbent olduğunu göstermiştir. Daha sonra, fındık kabuğu atığı, lityumun sulu çözeltilerden geri kazanılması için doğal yenilenebilir kaynaklara dayalı yeni bir biyosorbent geliştirmek için fosforile edilmiş ve benzer karakterizasyon çalışmaları sonucunda başarıyla sentezlendiği görülmüştür. Denge sorpsiyon kapasitesi, optimum koşullar altında (12.0 g/L biyosorbent dozu, 100 mg/L'lik başlangıç Li derişimi, 5.8 pH değeri, 25oC ve 6 dakikalık sorpsiyon süresi) 6.03 mg/g olarak bulunmuştur ve Langmuir modeline göre 25oC'de maksimum sorpsiyon kapasitesi 7.71 mg/g olarak belirlenmiştir. Ardından fosforile edilmiş fonksiyonel selüloz ve fındık kabuğu atığı dolgulu kolonda kullanılarak sürekli lityum sorpsiyon çalışmaları yapılmıştır. Fosforile edilmiş fonksiyonel selüloz suyla temas ettiğinde hidrojel oluşturmak üzere anında şişen çok hidrofilik bir madde olduğu için epiklorohidrin ile farklı oranlarda çapraz bağlanmıştır. Akış hızı ve yatak yüksekliği gibi değişken çalışma koşulları altında sudan lityumun geri kazanılması çalışmalarına göre, düşük akış hızıyla lityum geri kazanımı daha verimli olup, dinamik sorpsiyon işleminin yatak yüksekliğinden bağımsız olduğu görülmüştür. Sentezlenen malzemeler dolgulu kolonda daha yüksek sprisyon kapasiteleri sergilemiştir. Son olarak, fosforile edilmiş fonksiyonel selüloz ve fındık kabuğu atığı ile jeotermal sudan lityum geri kazanılması çalışmaları yapılmış, elde edilen bulgular teknolojik gelişmelere bağlı olarak özellikle şarj edilebilir pillerin üretiminde kullanılan lityum için artan küresel talep ile birlikte lityum madenlerinin gelecekteki ihtiyacı karşılayamama endişesinden dolayı jeotermal su gibi doğal su kaynaklarından bu adsorbentler kullanılarak sürdürebilir olarak geri kazanılmasının önünü açıcı nitelikte olmuştur.
Manyetik Levitasyon Tekniğiyle Oluşturulan 3 Boyutlu Tümör Sferoid Modellerinde Sapogenol Türevlerinin İlaç Etkinliklerinin Araştırılması
(2023) Yıldız, Ahu Arslan; Bedir, Erdal; 03.01. Department of Bioengineering; 03. Faculty of Engineering; 01. Izmir Institute of Technology
Son dönemin yaygın hastalığı olan kanser tedavisine yönelik çalışmalarda potansiyel ilaçların etkinliklerinin araştırılması için doku fizyolojisine yüksek benzerlik gösteren 3 boyutlu (3B) hücre kültürü modelleri dikkat çekmektedir. Bu modeller 2B hücre kültürü çalışmalarındaki birçok problemin aşılmasını sağlayarak ilaç geliştirme çalışmalarında tercih edilmektedir. Tamamlanan projede yeni nesil manyetik levitasyon kullanılarak üretilmiş 3B tümör sferoid modelleri üzerinde sapogenol türevi potansiyel kanser ilaçları ve antikanser ilacı Paklitaksel?in (Ptx) ilaç aktivite taramaları yapılmıştır. 3B sferoid modelleri doku iskelesi üzerinde ya da doku iskelesinden bağımsız şekilde üretilebilirler. Manyetik levitasyon yöntemi doku iskelesinden bağımsız olup, iki mıknatıs tarafından yaratılmış manyetik alan içerisinde paramanyetik ajanların etkisiyle manyetize edilmiş hücrelerin yoğunlarına bağlı olarak kendilerine has bir yükseklikte (levitasyon yüksekliği) harici bir kuvvet gerektirmeden asılı kalmalarını sağlamaktadır. Bu yöntemle, levitasyon yükseklikleri aynı seviyede olan hücreler arası etkileşimler artarak 3B sferoid yapıları doku iskelesine ihtiyaç duyulmadan hızlıca elde edilebilmektedir. Proje sürecinde geliştirilmiş olan manyetik levitasyon temelli ilaç tarama platformu 3B tümör sferoid modellerinin üretilmesi için yeni bir yöntemdir. Bu amaçla, tamamlanan projede; çeşitli kanser hücreleri, geliştirilmiş manyetik levitasyon düzeneği içerisinde paramanyetik kontrast ajanları kullanılarak 3B şekilde kültürlenmiş, tümör sferoid modelleri her hücre hattı için ayrı şekilde elde edilmiştir. Kontrol grubu olarak, aynı hücre hatlarıyla asılı damlacık yöntemi kullanılarak 3B sferoid modelleri elde edilmiştir. Oluşturulan sferoid modelleri üzerinde 2B hücre kültüründe ilaç etkinliği belirlenmiş sapogenol türevi ilaç moleküllerinin ve FDA tarafından onaylı antikanser ilacı Ptx?in aktivitesi araştırılmıştır. Elde edilen sonuçlarla birlikte, 2B hücre kültürü kullanılarak yapılan tümör fizyolojisi araştırmaları yerine bu modellerin dezavantajlarını geride bırakan, gerçek tümör fizyolojisini çok daha yakın seviyede taklit edebilen, klinik araştırmalar öncesinde ilaç taramalarında ve farklı moleküllerin etkilerinin araştırılmışında kolay, gerçekçi ve hızlı sonuçlar sağlayabilecek manyetik levitasyon temelli yeni bir ilaç aktivite tarama modeli geliştirilmiştir.
B Hücreli Akut Lenfoblastik Lösemi (B-all) Yüzey Proteomunun İncelenerek Yeni Kimerik Antijen Reseptörü (Car) Hedeflerinin Belirlenmesi
(2023) Ozcan, Servet; Karakukcu, Musa; Ovalı, Ercüment; Acar, Mustafa Burak; Güner, Serıfe Ayaz; Ömerli, Fatih; Gunaydın, Zeynep; 01. Izmir Institute of Technology
B-Hücreli Akut Lenfoblastik Lösemi (B-ALL) immün sistem hücrelerinden B-lenfositlerin kontrolsüz şekilde çoğalması ile tanımlanan lösemi türüdür. Diğer Akut Lösemi türleri gibi ani şekilde başlar ve tedavi edilmediği takdirde kısa sürede ölümle sonuçlanabilir. B-ALL; kan sayımı, immünfenotipleme, sitogenetik ve moleküler testlerle tanısı koyulabilen bir hastalıktır. B-ALL tedavisinde kemoterapi, radyoterapi, allojenik kemik iliği nakli ve kök hücre nakli gibi stratejiler kullanılmaktadır. Son yıllarda geliştirilen Kimerik Antijen Reseptörlü T hücreler (CAR T-Cell), B-ALL tedavisinde önemli bir araçtır. CAR T-Cell eldesinin temel stratejisi; otolog veya allojenik olarak elde edilen T-Hücrelerine, kanser hücrelerinin yüzeyinde bulunan hedef proteinleri tanıyan bir antijen reseptörü sentezleme yeteneği kazandıran bir genetik modifikasyondur. B-ALL tedavisinde kullanılan CAR, CD19?u hedeflemektedir. CD19 CAR T-Cell tedavisi ilk başlarda oldukça iyi sonuçlar vermekteyken, son zamanlarda tedaviden sonra relaps ortaya çıktığı rapor edilmiştir. Üstelik relaps yapan kanser hücrelerinin, kullanılmakta olan CAR T-Cell hedeflerini RNA interferans ve epitope-maskeleme gibi yollarla gizledikleri ortaya çıkmıştır. Buna ek olarak CD19 hedefinin B-Hücre tiplerinin birçoğunda var olması da dezavantaj olarak görülmektedir. CAR T-Cell tedavisinden B Hücre aplazisi de gelişebilmektedir. Gelinen bu noktada CAR T-Cell Tedavisi için yeni ve ek hedeflerin belirlenmesi ve birlikte kullanılması önem arz etmektedir. Bu proje çalışmasında hastalardan elde edilen B-ALL blastlarının yüzey proteinleri LC-MS/MS ile tanımlanmıştır. Ayrıca hasta serumlarında bulunan IgG?ler aracılığı ile hasta immün sistemi tarafından tanınan B-ALL spesifik yüzey proteinleri yakalanarak tanımlandı. B-ALL spesifik proteinlerin biyoinformatik araçlar kullanılarak subcellular lokalizasyonu, doku ve immün hücre özgünlüğü değerlendirilmiştir. Proje çalışmasında yüzey biyotinleme yöntemi ile hasta blastlarından 256 özgün protein tanımlanmıştır. Bu proteinlerin subselüler lokalizasyonu, doku ve immün hücre spesifiteleri değerlendirildiğinde yedi protein öne çıkmıştır. Bu proteinler CD40, CD70, CD99, HLA-DRA, HLA-DQB, HLA-DQA ve ICAM1?dir. Immünopresipitasyon çalışmalarında ise CD274 ve SLC3A2 (CD98) proteinleri öne çıkmıştır. Adaylar arasında CD70?in diğer proteinlere nispeten CAR hedefi olma konusunda daha uygun parametrik değerlere sahip olduğu kaydedilmiştir. Proje çalışmaları çerçevesinde yüzey biyotinilasyonu için yeni bir yöntem (InColumn Biotinylation) literatüre kazandırılmıştır. Ayrıca Crosslink-IP metodu proje çalışmaları kapsamında geliştirilmeye başlamıştır. Proje çalışmaları kapsamında elde edilen sonuçlar yüzeyi proteini hedefleri yakalamada yol gösterici olmuştur. Ancak bireylerin immün yanıtlarının gösterdiği varyasyon hedef ve belirteç tanımlama çalışmalarında proteomformların dikkate alınması gerekliliğini ortaya koymuştur.
Potansiyel Mdm2-p53 ve Aromataz Enzim İnhibitörleri Olabilecek 1,2,4-Triazol Türevlendirilmiş 1,4-Oksazepin-5-On Moleküllerinin Sentezi
(2020) Çağır, Ali; Dilek, Fikrican; Bozoğlu, Hülya; Akbaş, Tuğçe; 01. Izmir Institute of Technology; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science
Proje kapsamında Bu projede potansiyel MDM2 ve/veya aromataz inhibitörü olarak aktivite gösterebilecek 30 adet yeni molekülün sentezlenmesi in-vitro MDM2 ve aromataz inhibitör özelliklerinin gösterilmesi hedeflenmiştir. Hedefe yönelik ilaç tasarımı kanserle savaşta kullanılabilecek ve östrojen pozitif kanser hücreleri üzerinde güçlü antiproliferatif etki gösterebilecek yeni moleküllerin keşfi için önemlidir. Bu proje kapsamında sentezlenmesi planlanan moleküller ilk defa burada dizayn edilmiştir. Dizayn aşamasında iki fenil sübstitüeli 1,4-oksazepin-5-on yapısı ana iskelet olarak düşünülmüş ve bu iskelet üzerindeki sübstitentlerin farklılaştırılmasıyla da yapı aktivite ilişkisi kurulması düşünülmüştür. Bu amaçla sentezlere literatürde belirtilen şekilde (R)-4-klorofenilglisin ile başlanmış ve dört basamakta kiral N-Boc korunmuş difenil sübstiteli 2-aminoetanol yapısı elde edilmeye çalışılmıştır. Fakat sekiz aylık süre zarfında N-Boc korunmuş aldehite 3-klorofenilmagnezyum bromür eklenmesi tepkimesi başarısız olmuş ve bunun ticari kaygılardan dolayı ilgili firma tarafından yanlış rapor edildiği düşünülmüştür. Sonrasında N-Boc koruması yerine N-Trt koruması ile sentez tekrarlandığında hedeflenen 2-aminoetanol yapısı tekrarlı şekilde diastereomerik karışım olarak elde edilebilmiştir. Akabinde, kiral 2-aminoetanol yapısınının 1,4-oksazepin-5-on ana iskeletine dönüştürülmesine yönelik farklı sentez yöntemleri denenmiştir. Bu noktada glutakonik asitin HATU kupling ajanını kullanılarak aminoalkole direkt eklenmesi, glutakonik asit diesterin Michael eklenmesi ile N-Trt korumalı amino alkole eklenmesi sonrasında halkalaşma tepkimesinin denenmesi, O-benzil korunmuş (E)-5-hidroksipent-2-enoik asitin HATU kullanılarak aminoalkole enlenip arkasından asidik-bazik ortamlarda molekül içi Michael eklenme tepkimesi ile 1,4-oksazepin-5-on iskeletine dönüştürülmesi, ve son olarak da aminoalkolü 3-oksopropanoik asit amidine dönüştürüp arkasından Horner?Wadsworth?Emmons tepkimesi ile bazik ortamda 1,4-oksazepin-5-on iskeletine dönüştürülmesi gibi farklı stratejiler denenmiş fakat tüm çabalara karşın hedeflenen ana iskelet sentezlenememiştir.
Pankreas Kanserine Hedeflenen Oleandrin Taşıyıcısı Işık-Duyarlı Siklodekstrin Nanokapsüllerin Sentezi ve 3d Mikro-Akışkan Hücre Kültür Modelinde İncelenmesi
(2022) Genç, Rükan; Okvur, Devrim Pesen; Bedir, Erdal; Bolgen, Nimet; Karacabey, Pınar; Doğan, Gamze; 03.01. Department of Bioengineering; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 03. Faculty of Engineering; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Bu projede, oleandrinin biyoyararlanımını arttırmak ve sağlıklı hücrelere olan sitotoksisitesini azaltmak için siklodekstrinin temelli UV-ışığa duyarlı nanokapsüllerin (Ole-CD NKlar) geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu nanokapsüllerin yüzeyleri, pankreas kanseri hücrelerinde yüksek oranda eksprese edildiği düşünülen EGFR ve CA-19-9 proteinlerine hedeflenmek üzere başarı ile modifiye edilmiştir (Ab-Ole-CD NKlar). Modifikasyon sonrasında yüzeye konjuge antikorlar sırası ile yaklaşık 10-7 ve 10-8 nM Kd değeri ile yüksek afinite göstermeye devam etmiş ve +4 C° argon koşullarında saklandıklarında 1 ay boyunca stabil kalmışlardır. 2 boyutlu (2B) hücre kültüründe sitotoksisite çalışmaları pankreas kanseri (PANC-1, MIA PaCa-2) ve sağlıklı hücre hatları (HEK-293, MRC-5 ve HUVEC) üzerinde MTT analizi ile gerçekleştirilmiştir. Ole-CD NKlar için tüm hücre gruplarında sitotoksisite 3-4 kat kadar düşerken sağlıklı hücrelerde bu oranın kanserli hücrelere göre arttığı gözlenmiştir. Hem PANC-1 hem de MIA PaCa-2 hücreleri Ab-Ole-CD NKlarla muamele edildiklerinde UV ışık maruziyeti olduğu ve olmadığı koşullarda IC50 değerlerinde seçici olarak düşme gözlenmiştir. Akış sitometrisi ile yaptığımız antijen ekspresyon seviyeleri, PANC-1 için popülasyonun sadece %20?sinde EGFR eksprese olurken, CA19-9 için bu oran %15 civarında bulunmuştur. Mia PaCa2 hücrelerinde popülasyonun %84?ünde, MRC-5 hücrelerinde ise %34?ünde EGFR ekspresyonu görülmüştür. HEK293 hücrelerinde beklendiği gibi her ki hücre yüzey belirtecinin de eksprese olmadığı gözlemlenmiştir. In vitro sitotoksisite sonuçlarımız ve nanokapsüllerin hücre alımını araştırdığımız deneylerimiz hücrelerin CA19-9 ve EGFR?ın hücresel ekspresyonlarına paralel olarak sonuçlanmıştır. UV-ışımanın etkisi 2B in vitro sitotoksisite testlerinde görülmemiş olmsına rağmen hücre çekirdekleri görüntülendiğinde Ole-CD NK ve Ab-Ole-CD NK uygulanan hücrelerde UV ışımaya varlığında hücre sayısında azalma ve hücre bütünlüğünde bozulma görülmüştür. Mikroakışkan çip üzerinde 3 boyutlu (3B ) hücre kültüründen elde edilen sonuçlar 2B?den farklı olarak UV ışımanın hücrelerde nanokapsüllerin sitotoksistesini arttırdığı göstermiştir. Hem 2B hem de 3B mikroçip sistemlerinde gerçekleştirilen sitotoksisite sonuçlarımız, anti EGF-Ole-CD NKların daha yüksek sitotoksik aktiviteye sahip olduğunu gösterse de bu hücre türleri için CA19-9 ve EGFR?ın yeterince eksprese edilmediği ve bu nedenle de beklenen düzeyde başarılı hedef moleküller olmadığı sonucunu ortaya koymuştur.
Manyetik Saçtırma ve Kimyasal Oksidatif Polimerizasyon Yöntemi İle Kontinü Olarak Elektrokromik Lif Eldesi
(2016) Aksit, Aysun; Ozyuzer, Lutfi; Aygun, Gulnur; Camlibel, Nurhan Onar; Isgın, Elıf Sahın; Kutlu, Bengi; Arslan, Halil; 04.05. Department of Pyhsics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Kromizm, çeşitli fiziksel etkiler altında (ısı, ışık, elektrik akımı gibi) moleküler yapının değişmesi sonucu renkte meydana gelen tersinir değişim anlamına gelmektedir. Elektrokromik özellik içeren bir malzemenin bir elektrik potansiyeli (örn.-1.5/+1.5 aralığında gidip gelmek) uygulaması esnasında renk değiştirmesine ise elektrokromizm denmektedir. Kromik yani renk değiştiren yapıların bilinen en yaygın uygulaması güneş gözlükleri camlarıdır. Daha sonraları bunu akıllı camlar ve aynalar ile display uygulamalar takip etmiştir. Arabalarda arkadan gelen ışıkla sürücünün rahatsız olmasını önlemek için dikiz aynalarında ve binalarda hem gelen güneş ışığı seviyesinin ayarlanması hem de aşırı ısınmayı engellemek amacı ile pencere camlarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Tekstil uygulamalarında ise tıbbi ve askeri alandaki uygulamaları ile karşımıza çıkmaktadır. Optiksel değişkenlik durumlarına göre elektrokromik materyaller optik geçişli metal oksitler (In2O3,WO3, vb), bipiridilyum tuzları (viologenler), prusya mavisi sistemleri, polianilin (PANi), poli 3,4 propilendioksipirrol (PProDOP) gibi konjuge polimer yapılardır. Elektrokromik yapılar genel olarak beş ile yedi katmandan oluşmaktadır. Prensip olarak elektrokromik cihazlarda sabit katman yüzey üzerine elektrokromik iletken bir polimer kaplanmasıyla yeni bir katman oluşturulur. Elektrik potansiyel bu iletken katman üzerinden verilmektedir. Bu iletken katman üzerine iyonlarına ayrılan bir elektrolit madde kaplandıktan sonra tekrar elektrokromik malzeme kaplanır ve en üste tekrar iletken ve transparan malzeme olarak genellikle indiyum kalay oksit (In2O3, ITO) kaplanarak sandviç yapı tamamlanmaktadır. İletken katmanlara verilen potansiyel fark, elektrokromik malzemenin üzerinden geçerken yükseltgenme ve indirgenme reaksiyonlarının derecesine göre polimerde renk değişimi meydana gelmektedir. Bu projede elektrokromik yapının tekstil lifi üzerinde oluşturulması ile elektrokromik tekstil yapısı eldesi üzerine çalışılmıştır. Proje kapsamında elektrokromik yapının poliamid (PA) tekstil lifinin üzerinde oluşturulması hedeflenmiş ve bu hedef doğrultusunda lifin önce plazma (magnetron sputtering) ardından yaş kimyasal yöntemler ile kesintisiz kaplanması için kontinü işlem akışını sağlayan bir sistem oluşturulmuştur. Bunun için iletken materyal olarak konjuge polimerler (PEDOT, polipirol), metal oksit olarak da indiyum kalay oksit (ITO) kullanılmıştır. Katmanların eldesinde ITO kaplama için magnetik saçtırma yöntemi, iletken polimerlerin kaplanması için de kimyasal oksidatif polimerizasyon yöntemi (sol-jel) uygulanan yöntemlerdir. Kaplama işlemlerinin kesintisiz olarak yapılabilmesi için projede kontinü işlem akışını sağlayacak bir sistem tasarımı yapılmış, tasarlanmış olan sistem ile plazma ve sol-jel işlemlerinin life kesintisiz olarak aplikasyonu ve kullanılan yöntemlerin kombinasyonu açısından çalışmanın bir benzerine literatürde rastlanmamıştır. Tekstil liflerine yapılan kimyasal kaplamaların karakterizasyonu için FTIR-ATR analizi ile filmlerin morfolojik karakterizasyonu için SEM analizleri yapılmıştır. Liflerin iletkenlik özellikleri (elektrokimyasal empedans spektroskopi) (EIS) ile ölçülmüştür.
Kanser Hücrelerinin İşaretleme Yöntemi Kullanılmaksızın Manyetik Levitasyon Prensibi ile Mikroakışkan Çip Üzerinde Ayrıştırılması
(2020) Ozcivici, Engin; Tekin, H. Cumhur; 03.01. Department of Bioengineering; 03. Faculty of Engineering; 01. Izmir Institute of Technology
Dolaşımdaki tümör hücreleri (CTC), kanser tanısında, öngörüsünde ve kişiselleştirilmiş tedavi yöntemlerinin belirlenmesinde hayati rol oynamaktadır. Ancak, CTC'ler hem kanda çok az sayıda bulunurlar (yaklaşık 1 milyon akyuvara 1 CTC gibi), hem de biyogösterge bağlamında heterojen olduklarından izole edilebilmeleri oldukça zordur. Güncel CTC ayıklama yöntemleri, bu işlem için hücreler arasındaki boyut, elektrik yükü, özkütle ve hücre membran antijenlerindeki farklılıkları kullanmakta olan tekniklerden ibarettir. Ancak, söz konusu teknikler örneklerin manuel olarak hazırlanmasına, düşük ayrıştırma saflığı ve verimliliği dolayısıyla tutarsız sonuçlara ve yüksek maliyetlere neden olmak gibi zorluk ve sıkıntılara yol açabilmektedir. Bu nedenle, CTC'leri ayırma konusunda bugüne kadar etkin ve standart bir yöntemin geliştirilemediğini söylemek mümkündür. Biz bu proje ile CTC'lerin ayrıştırılmasına ilişkin söz konusu boşluğu son dönemde hücrelerin ve hücresel etkinliklerin biyolojik karakterizasyonu ve gözlemlenmesi konularında oldukça başarılı bir metot olarak ortaya çıkmış olan manyetik levitasyon prensibine dayalı yeni bir yöntem geliştirmek suretiyle gidermek istemekteyiz. Manyetik levitasyon teknolojisi hücre özkütlelerini 0.1 mg/mL'lik benzersiz bir çözünürlükte tek hücre seviyesine kadar ölçümleyebilmekte kullanılmıştır. Bu teknoloji ile levitasyon yüksekliği ve özkütlelerdeki özgün farklılıkların belirlenebilmesi, kanser hücrelerinin kan hücrelerinden ayırt edilebilmesine imkan vermektedir. Sunulan projede, manyetik levitasyon prensibine dayalı, yeni ve işaretleme yöntemlerinden bağımsız bir mikroakışkan hücre ayıracı geliştirilmesi amaçlanmıştır. Söz konusu projede, mikroakışkan kanalı çevreleyen plastik yapıda sabitlenecek bir dizi mıknatıs aracılığıyla kanser hücrelerinin sürekli bir akış halinde olan akyuvarlar arasından ayıklanmasını sağlayacak bir mikroakışkan cihaz tasarlanıp geliştirilmiştir. Mikroakışkan kanala beyaz kan hücreleri ve meme kanseri hücreleri farklı konsantrasyonlarda verilip, ayrıştırma verimlilikleri hesaplanmıştır. Verimliliği etkileyen akış hızı, paramanyetik solüsyon konsantrasyonu gibi parametreler hem model olarak kullanılan farklı özkütleli mikroparçacıklar hem de hücreler üzerinde araştırılmıştır. Optimum koşullarda (15 µL/dk akış hızı ve 30 mM paramagnetik solüsyon konsantrasyonu) farklı konsantrasyonlardaki beyaz kan hücreleri ve meme kanseri hücreleri mikroakışkan cihazın farklı çıkışlarından %80'in üstünde ayrıştırma verimliliğiyle toplanabilmiştir. Projenin başarıyla sonuçlanması ile proje çıktısı olarak elde edilecek mikroakışkan cihaz, CTC'lerin kandan büyük hacimlerde ve verimli bir şekilde ayıklanabilmesini sağlamak suretiyle kanserin hızlı, ucuz ve biyomarkerlerden bağımsız in-vitro tanısı amacıyla kullanılabilecektir. Bununla birlikte bu yöntemle ayıklanan hücreler ileride kişiselleştirilmiş tedavi yöntemleri ve hassas tıp alanlarında kullanılmak üzere toplanabileceklerdir.
Apoptozun Düzenlenmesinde Rol Oynayan M6a Rna Modifikasyonlarının Araştırılması
(2022) Akgül, Bünyamin; Akçaöz-alasar, Azime; Sağlam, Buket; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Apoptoz gerek normal gelişim esnasında gerekse patolojik olgularda hücresel dengenin sağlanmasında oldukça önemli bir hücresel işlevdir. Nitekim, apoptozun yavaşlaması veya engellenmesi kanser ve otoimmun hastalıklara yol açar iken, apoptoz oranında meydana gelen hızlanmalar akut ve kronik dejeneratif hastalıklara ve immun sistemde yetersizliklere yol açmaktadır. Bu nedenlerden ötürü, apoptozun düzenlenmesinde çok değişik makromoleküller görev yapmaktadır. Bu düzenlemeden sorumlu proteinlerin varlığı uzun süredir bilinmekte olup son yapılan çalışmalar RNA modifikasyonlarının da bu düzenlemede aktif rol oynadıklarını işaret etmektedir. Bireysel bazı RNA modifikasyonlarının apoptoza katkısı raporlanmış olmasına karşın, apoptotik koşullarda gerçekleşen genom kapsamlı m6A RNA modifikasyonları raporlanmamıştır. Sağlıklı serviks epitel ve kanser hücrelerinde apoptotik koşullarda meydana gelen m6A RNA modifikasyonlarını irdelemek için yürütülen 217Z234 No.lu bu TÜBİTAK projesinde HeLa hücreleri model olarak kullanılmış, elde edilen verilerin bir kısmı ME180 ve HCerEpiC hücrelerinde de test edilmiştir. Farklı m6A RNA modifikasyonuna tabi adaylar doğrulandıktan sonra ilgili mRNA?ların kaderi incelenmiştir. Yapılan incelemeler METTL3-p53-NOXA aksının apoptozu düzenlemekte rol oynayabileceğini göstermiştir.
Betonarme Elemanların Darbe Yükleri Altındaki Davranışları ve Lifli Polimer Kompozitler İle Güçlendirilmesi
(2015) Ilki, Alper; Saatci, Selcuk; Gurbuz, Tuba; 03.03. Department of Civil Engineering; 03. Faculty of Engineering; 01. Izmir Institute of Technology
Yapılar, kullanım ömürleri boyunca etkisi altında kalabilecekleri yükler dikkate alınarak tasarlanırlar. Fakat günümüzde yapılar, tasarımda öngörülen alışılagelmiş zati, hareketli ve deprem yüklerinden farklı olarak; kaza, ihmal veya kasıtlı saldırı sonucu, ani dinamik etkilere de (darbe, patlama) maruz kalabilmektedir. Bu etkiler ender olarak ortaya çıkmasına rağmen, çok kısa süreli ve yüksek şiddetli dinamik yükler olarak yapıya etkirler. Sonuç olarak, risk altındaki yapı elemanlarının darbe yükleri gözetilerek tasarlanması ve mevcut riskli elemanların güçlendirilmesi gerekmektedir. Son yıllarda bu tür tehditlere açık yapılarda güvenliğin arttırılması ve riskin azaltılmasına yönelik araştırmalar oldukça önem kazanmış ve sayıları artmıştır. Fakat bu çalışmalar arasında yapıların güvenliğini arttıracak güçlendirme çalışmaları oldukça enderdir. Kolonların, yapının taşıyıcı sisteminin en önemli ve kritik elemanları olduğu gözönünde bulundurularak, araştırmanın kapsamı betonarme kolonlarla sınırlı tutulmuştur. Projenin amaçlarından biri, eksenel yük altındaki betonarme elemanların darbe yükleri gibi ani dinamik etkiler altındaki performanslarının arttırılmasına yönelik kolay uygulanabilir tasarım ve güçlendirme yöntemleri geliştirmektir. Bu proje kapsamında eksenel yük altındaki betonarme elemanların, darbe yüklerine karşı oldukça kolay ve hızlı uygulanabilen lifli polimer (LP) kompozitler ile sargılanması yoluyla güçlendirilmesi planlanmıştır. Bu güçlendirme yöntemleri ile betonarme elemanların taşıma gücü kapasitelerinin arttırılması ve oluşan hasarın sınırlandırılması hedeflenmektedir. Bu araştırma projesi, betonarme elemanların serbest düşen ağırlık etkisiyle darbe deneylerini kapsamaktadır. Proje kapsamında eksenel yük altında betonarme elemanların darbe yükleri altındaki performanslarını iyileştirmeye yönelik güçlendirme yöntemi üzerine deneysel araştırma yapılmıştır. Araştırma kapsamında eksenel yük altındaki betonarme elemanların güçlendirme öncesi ve sonrası darbe etkisi altındaki davranışları karşılaştırılarak ve güçlendirme yönteminin etkinliği araştırılmıştır. Deneysel çalışmada değişkenler ve numune sayısı sınırlı tutulmaya çalışılmıştır.
Eksozom Tayini İçin Plazmonik Temelli Sensör Platformu Geliştirilmesi
(2022) Sözmen, Alper Baran; Yıldız, Ahu Arslan; 01. Izmir Institute of Technology; 03.01. Department of Bioengineering; 03. Faculty of Engineering
Eksozom Tayini İçin Plazmonik Temelli Sensör Platformu Geliştirilmesi Amaç: Kanser vakalarında yüksek ölüm oranına rağmen erken teşhis ile vakaların %40?ının tedavisinin mümkün olduğu gösterilmiştir. Mevcut altın standart olan doku biyopsisine alternatif olarak geçtiğimiz yıllarda likit biyopsi yöntemi önerilmiştir. Bu çalışmada amaç plazmonik temelli bir sensör platformu geliştirilerek likit biyopsi ile kanser biyobelirteci olabilecek eksozom proteinlerinin tayininin sağlanmasıdır. Bu amaçla literatürde küçük hücreli olmayan akciğer kanseri (KHDAK) biyobelirteci olarak gösterilen CD151 ve EpCAM proteinini yapısında bulunduran in-vitro eksozomların üretimi A549 KHDAK hücre hattı kullanılarak sağlanmış ardından eksozomlar izole edilerek sensör platformunu test etmek için kullanılmıştır. Gereç ve yöntem: Platform üretimi için altın nanoparçacık (AuNP) sentezi yapılıp AuNP?lar mikroplakalara immobilize edilmiştir. İmmobilize AuNP?lar CD151 ve EpCAM antikorları ile ayrı ayrı fonksiyonlandırılmıştır. Sensör platformunun optimizasyonu AuNP sentez süresi, antikor miktarı ve antikor interaksiyonu için inkubasyon süresi çalışılarak yapılmıştır. Sonrasında ilgili protein standartları kullanılarak platformun çalışma aralığı ve tayin limiti belirlenmiştir. Eksozom izolasyonu için ticari kit kullanılmış ve izole eksozomların karakterizasyonu toplam protein tayini, western blot, immunohistokimyasal boyama ve zeta sizer DLS analizleriyle yapılmıştır. Yapılan analizlerin ardından eksozom örnekleri geliştirilen sensör platformunu test etmek için kullanılmıştır. Bulgular: Çalışmanın optimizasyon adımında AuNP üretimi için ideal sürenin 90 dk, immobilizasyon için uygun antikor konsantrasyonunun %2 ve inkubasyon süresinin 60 dk olduğu görülmüştür. EpCAM ve CD151 proteinleri için tayin limitleri sırası ile 2,9 ve 0,9 nM olarak hesaplanmıştır. İzolat içerisindeki eksozom konsantrasyonunun 2,9 x 109 eksozom/ml olduğu, eksozomların yapılarında CD151, EpCAM ve eksozom biyobelirteci olan CD81 proteinlerini taşıdığı, toplam protein miktarının 1,32 mg/ml olduğu gösterilmiştir. Sensör platformu ekozomlar ile test edildiğinde tayin limitleri anti-CD151 ve anti-EpCAM ile hazırlanmış platformlar için sırasıyla 7,62 x 104 ve 3,14 x 104 eksozom/ml olarak hesaplanmıştır. Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada literatürde ilk defa eksozomların tayini için immobilize LSPR-temelli sensör platformu geliştirilmiştir. Geliştirilen sensör platformunun hassasiyet ve kolay kullanıma sahip olması kanser teşhisi çalışmaları için uygun bir aday olduğunu göstermektedir.
Experimental Study of Evolution of Breach Resulting From Piping at Upper Part of Earth-Fill Dam
(Turkish Chamber Civil Engineers, 2025) Guney, Mehmet Sukru; Tayfur, Gokmen; Bor, Asli; Okan, Merve; Dumlu, Emre; Aklık, Pelin; 03.03. Department of Civil Engineering; 03. Faculty of Engineering; 01. Izmir Institute of Technology
Piping and overtopping are the most important causes of earth-fill dam failure. Such dams may erode under seepage, causing a reduction in the structural strength. The aim of this study was to investigate the temporal evolution of the breach and flow rate from the breach resulting from the piping in earth-fill dams. The experiments were carried out at Hydraulics Laboratory of Civil Engineering Department of İzmir University of Economics. The dam was constructed by using a mixture consisting of 85 % sand and 15 % fine (low plasticity clay). In the first scenario a circular tunnel with a diameter of 2 cm was created along the centreline at 6 cm below the dam crest whereas in the second one it was located at the upper edge. Six cameras at different locations recorded the evolution of the progress of the breach formation. The pump flow rate was measured by magnetic flow meter, and the continuity equation was used to calculate the flow rate values from the breach. The time-varied values of the total breach areas were determined using the Gauss Area formula. The image processing method was also applied in the determination of the breach areas. The time-dependent changes of water depth in the channel were also recorded. The obtained experimental findings are presented and commented, together with the universal dimensionless curves. The failure of the dams occurred mainly because of the head cut erosion developed from downstream to upstream. When breaching started, the orifice flow was converted to open channel flow where breach bottom behaved like a broad crested weir. In the second scenario, the rigid lateral side considerably influenced the flow rate and the development of the breach. The peak flow rate corresponding to the first scenario was found approximately 2.3 times greater than that of the second one. The maximum values of all the breach parameters were reached earlier in the case of the seepage along the centerline. The ratios between the values corresponding to the first and the second scenarios were found as 3.25 and 1.75 for maximum breach areas at downstream and at upstream sides, respectively. These ratios were 2.44 and 1.37 for the average breach widths at downstream and upstream sides, respectively. A very good agreement was found between the area values obtained from Gauss area method and image processing technique, in both scenarios. This fact demonstrated that either of these two approaches can be used to determine the time-dependent breach areas. These experimental findings provide the opportunities for the calibration and validation of the numerical models used in the relevant numerical investigations. This study also offers guidance for the strategies concerning emergency action plans related to the failure of homogeneous earth-fill dams when the piping starts at upper part of the homogeneous earth-fill dams.

Browse

Recent Submissions